Využití genetických markerů pro určování pohlaví u historického kosterního materiálu

Mgr. Kristýna Pížová, Ph.D.

Diplomová práce

Using of genetic markers in sex determination of historical skeletal material

Anotace:

Cíle diplomové práce bylo zavedení spolehlivých metod určení pohlaví u historického kosterního materiálu ze Znojma Hradiště. Materiál z této lokality byl vybrán záměrně, protože zde už po tři archeologické sezóny probíhá sterilní odkryv hrobů a odběr kosterního materiálu. Další výhoda této lokality je, že materiál byl již antropologicky zpracován a máme přístup ke kompletní archeologické dokumentaci. Prvním úkolem spojeným s analýzou bylo zavedení úspěšné izolační metody. Tento krok byl splněn zavedením izolace Mini ElutePCR purification Kit (QIAGEN). Na tento krok navazovala implantace nové metody určení pohlaví. Pro tyto účely byla vyprána komerční souprava Plexor ® HY System (Promega), která je založena na detekci produktu amplifikace pomocí real-time PCR. Na základě pozitivních zkušeností s Plexor ® HY Systém byla navrhnuta vlastní esej, která využívala TaqMan® sond pro pohlavně specifický gen SRY. Tento typ real-time PCR aplikace již bylo nutné optimalizovat, ale v konečné fázi byly reakce stejně úspěšné jako Plexor ® HY System (Promega). Pomocí obou metod bylo úspěně analyzováno deset skeletů z pohřebiště Znojmo Hradiště.

Abstract:

The main theme of this thesis is sex determination of the historical bone remains from archaeological site Znojmo Hradiště. This material is in good condicion and excavate due the sterile setup. The first step of analysis is implementaion of successful isolaton method. The QIAamp DNA Investigator Kit (QIAGEN) and Mini ElutePCR purification Kit (QIAGEN) were used. The next step is sex determination on DNA level. It was determined with help of the real-time PCR. The firt method is based on the Plexor® HY System (Promega) and the second one is based on the TaqMan® Copy Number Assays (Applied Biosystems). The both methods are effective for genetic sex determination. Ten skeletons from ten graves were analysed. The exeriments shows that sex determination on DNA level is more precise and sensitive than the anthropological sex determination. Real-time PCR is applicable to the others aDNA analysis.

Klíčová slova

Starobylá DNA (aDNA), určení pohlaví, kvantitativní polymerázová řetězová reakce v reálném čase, SRY, Plexor® HY System (Promega), TaqMan Copy Number Assays (Applied Biosystems) Ancient DNA, sex determination, quantitative real-time polymerase chain reaction, Plexor® HY System(Promega), TaqMan Copy Number Assays (Applied Biosystems).

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 6. 2012
• Vedoucí: doc. RNDr. Eva Drozdová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární biologie a genetika