Separace PCR produktů kapalinovou chromatografií

Bc. Marta Šiborová

Master's thesis

Separation of PCR products by liquid chromatography

Abstract:

Tato diplomová práce se věnuje optimalizaci separace směsí oligonukleotidů pomocí chromatografických metod s následným použitím při identifikaci bakteriálních kmenů z environmentálních vzorků z oblastí po těžbě těžkých kovů. Byla vypracována rešerše shrnující možnosti molekulárně biologických metod pro identifikaci bakteriálních kmenů a především rešerše týkající se možností chromatografické separace PCR produktů. Praktická část se věnuje optimalizaci iontově výměnné chromatografie, hydrofilní interakční chromatografie, chromatografie v reverzní fázi a iontově párové chromatografie v reverzní fázi pro separaci oligonukleotidů a následné použití na směsi restrikčních fragmentů 16S PCR produktu bakterií A. ferrooxidans a A. thiooxidans.

Abstract:

This thesis focuses on the optimization of the separation of mixtures of oligonucleotides by chromatographic methods with subsequent use for the identification of bacterial strains from environmental samples from the areas of mining heavy metals. Was drawn up research summarizing possibilities of molecular biological methods for identification of bacterial strains and particularly research on the possibilities of chromatographic separation of PCR products. The practical part focuses on optimizing the ion exchange chromatography, hydrophilic interaction chromatography, reverse phase chromatography and ion pair reverse phase chromatography for the separation of oligonucleotides and subsequent use of the mixture of restriction fragments of the 16S PCR product of bacteria A. ferrooxidans and A. thiooxidans.

Keywords

HPLC, IEC, HILIC, RP-HPLC, IP-RP, PCR, oligonukleotidy, nukleové kyseliny, oligonucleotides, nucleic acids

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 15. 5. 2014

Thesis defence

• Date of defence: 4. 6. 2014
• Supervisor: doc. RNDr. Oldřich Janiczek, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Analytical Biochemistry