Genetická variabilita u roztoča Varroa destructor v sekvencii mitochondriálnej DNA

Bc. Lenka Demešová

Master's thesis

Genetická variabilita u roztoče Varroa destructor v sekvenci mitochondriální DNA

Abstract:

Jednou z nejpoužívanějších molekulárních metod variability roztočů rodu Varroa je analýza sekvencí mtDNA. Nejčastěji se využívají mitochondriální markery, jako například COXI, COXIII, CYTB, nebo jejich vzájemné kombinace. Cílem naší práce byla analýza mitochondriálních sekvencií a nasledné posouzení variability roztoče Varroa destruktor v rámci populací, i mezi nimi navzájem. Pro zkoumání této variability jsme využili mtDNA, konkrétně gen COXI. Sekvenováné úseky jsme pomocí softwarů MEGA X, DNA SP 6 a Arlequin 3.5.2.2 navzájem porovnávali. Na základě toho jsme našli variabilní sekvence, většinou substituce. To nám potvrdilo, že roztoče se navzájem odlišují nejen v rámci jedné populace, ale i mezi různými populacemi navzájem. Rovněž jsme identifikovali čtyři rozdílné druhy haplotypů. Do konkrétního druhu umíme zařadit jedince, pokud je rozdíl v sekvenci 2 % nebo méně. Mezidruhový rozdíl je přibližně 6 %. Díky tomu jsme vytvořili fylogenetický strom, do kterého jsme zařadili všechny zkoumané roztoče.

Abstract:

One of the most widely used molecular methods to determine the variability of Varroa mites is the analysis of the mtDNA sequences. Mitochondrial markers, such as COXI, COXIII, CYTB, or a combination thereof, are the most commonly used. The aim of our work was the analysis of mitochondrial sequences and the subsequent assessment variability of the Varroa destructor mite within populations, as well as between populations. We used mtDNA, specifically the COXI gene, to investigate this variability. We compared the sequenced sections using MEGA X, DNA SP 6, and Arlequin 3.5.2.2 software. Based on this, we found variable sequences, mostly substitutions. This confirmed to us that mites differ from each other not only within one population but also between different populations. We also identified four different types of haplotypes. We can classify an individual into a specific species if the difference in the sequence is 2 % or less. The interspecies difference is approximately 6 %. Thanks to this, we created a phylogenetic tree, in which we included all the studied mites.

Abstract:

Jednou z najpoužívanejších molekulárnych metód na určenie variability roztočov rodu Varroa je analýza sekvencií mtDNA. Najčastejšie sa využívajú mitochondriálne markery, ako napríklad COXI, COXIII, CYTB, alebo ich vzájomná kombinácia. Cieľom našej práce bola analýza mitochondriálnych sekvencií a následné posúdenie variability roztoča Varroa destructor v rámci populácií, aj medzi populáciami navzájom. Pre skúmanie tejto variability sme využili mtDNA, konkrétne gén COXI. Sekvenované úseky sme pomocou softwarov MEGA X, DNA SP 6 a Arlequin 3.5.2.2 navzájom porovnávali. Na základe toho sme našli variabilné sekvencie, väčšinou substitúcie. To nám potvrdilo, že roztoče sa navzájom odlišujú nie len v rámci jednej populácie, ale aj medzi rôznymi populáciami navzájom. Taktiež sme identifikovali štyri rozdielne druhy haplotypov. Do konkrétneho druhu vieme zaradiť jedinca ak je rozdiel v sekvencii 2 % alebo menej. Medzidruhový rozdiel je približne 6 %. Vďaka tomu sme vytvorili fylogenetický strom, do ktorého sme zaradili všetkých skúmaných roztočov.

Keywords

Varroa destructor, mtDNA, COXI

Keywords

Varroa destructor, mtDNA, COXI

Keywords

Varroa destructor, mtDNA, COXI

Language used: Slovak

Date on which the thesis was submitted / produced: 4. 5. 2022

Thesis defence

• Date of defence: 1. 6. 2022
• Supervisor: prof. Ing. Tomáš Urban, Ph.D.
• Reader: Luboš Vostrý, externi

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Master programme / field:
Animal Breeding / Animal Biotechnology