Počítačová analýza lokálních podobností mezi biologickými sekvencemi

Bc. Michal Vaverka

Bakalářská práce

Computer analysis of local similarity in biological sequences

Anotace:

V moderní biologii a bioinformatice se používá míra podobnosti mezi sekvencemi proteinů k odvození jejich možné funkce nebo struktury. Cesta ke globální podobnosti mezi sekvencemi často vede přes určování kratších, lokálních podobností. Program vytvářený s touto prací vyhodnocuje vzájemnou podobnost proteinů na základě výskytů lokálních segmentů a důležitosti vlastností funkčnosti a struktury.

Abstract:

In modern biology and bioinformatics, the degree of similarity between protein sequences is used to derive their function or structure. Global similarity between sequences can be estimated from identification and evaluation of shorter local similarities. This program developed with this work evaulate the global similarity of protein sequences based on correllation of local segment occurence in databases which is typically high for sequences with the same structure and function.

Klíčová slova

Bioinformatika, segment, lokální podobnost, Blosum, Dialign, protein, databáze, sekvence

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2006

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 19. 6. 2006
• Vedoucí: Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika