Modul vyhledávání informací o genech pro platformu e-cyanobacterium

Bc. Silvia Nagyová

Bakalářská práce

Gene information search engine for e-cyanobacterium platform

Abstract:

This work is closely related to the development of the e-cyanobacterium.org platform. Its goal is to create a module that can search for genes and related information for this platform. Used biological and computer scientific notions are explained at the beginning of the thesis. Subsequently, there follows the explanation of the problem targeting the lack of gene information and the related machinery within the platform. The proposed solution to the problem is provided in the form of a software developed on the basis of given requirements. The following chapter describes the implementation process and the typical use cases. The final part is devoted to description of the implemented module functionality.

Abstract:

Táto práca úzko súvisí s vývojom platformy e-cyanobacterium.org. Jej cieľom bolo vytvorenie modulu vyhľadávania génových informácií pre túto platformu. Na začiatku práce sú predstavené základné biologické a informatické východiská, dôležité pre jej pochopenie. Následne je vysvetlený problém vyplývajúci z nedostatočnej reprezentácie génových informácií v rámci platformy a navrhnuté riešenie v podobe vhodnej aplikácie, vytvorenej na základe rôznych požiadaviek. V ďalšej časti je popísaný postup implementácie a spôsob použitia danej aplikácie. Poslednou časťou je popis overenia fungovania implementovaného modulu.

Klíčová slova

e-cyanobacterium.org, gén, databáza, anotácia, REST API, JSON

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 6. 2018
• Vedoucí: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Matej Hajnal

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika