Od trusu k prostřenému ubrusu. Molekulární analýza potravy raka signálního

Jan ŠKRABÁNEK

Bachelor's thesis

Abstract:

Tato bakalářská práce měla za cíl analyzovat potravu raka signálního v Křesánovském potoce během roku 2020, v měsících od dubna do října. Dalším cílem bylo najít a otestovat vhodné markery pro analýzu potravy. Tyto markery jsou podrobněji popsány v textu této práce. Analyzovali jsme potravu raka signálního pomocí izolované DNA ze vzorků fekálních pelet odebíraných každý měsíc. Pomocí skupinově specifických DNA markerů jsme se zaměřili na klíčové potravní skupiny makrozoobenthosu. Tyto skupiny jsou Heptageniidae (markery Hpt28Sf + Hpt28Sr), Ephemeroptera (Epa28Sf + Epa28Sr), Integripalpia a Spicipalpia (Inspi18Sf + Inspi18Sr), Plecoptera (Ple-gen A269 + Ple-gen S268), Chironomidae (Chiro18Sf + Chiro18Sr) a Gammaridae (Gamae28Sf + Gamae28Sr). V potravě byla také analyzována makrofyta Characeae (CHA677 + CHA1681R) a dvouděložné rostliny (MYR152F + MYR1696R).Výsledky ukázaly, že potrava raka signálního se v průběhu sezóny měnila. Během celé sezóny byly nejčastější potravní skupinou Gammaridae, nalezené v 54,1 % vzorků fekálních pelet. Skupiny Heptageniidae, Integripalpia/Spicipalpia byly také hojně zastoupené (detekovány ve 31,3 % vzorků). Skupina Plecoptera se objevila ve 20,8 % vzorků fekálních pelet, zatímco Chironomidae a Characeae byly nalezeny v 10,4 %. Dvouděložné rostliny byly zastoupeny v 8,3 % vzorků. Nejméně početnou skupinou byly Ephemeroptera, které byla detekována pouze v jednom vzorku fekálních pelet (2,1 %).V dubnu byly Gammaridae nejvýznamnější složkou potravy, a Heptageniidae byli drouhou nejzastoupěnější skupinou.V květnu byla strava pestřejší, ale Gammaridae zůstaly hlavním zdrojem potravy (nalezeny v 6 vzorcích) následované Integripalpia/Spicipalpia (v 5 vzorcích). V červnu byly Gammaridae přítomny ve všech vzorcích, zatímco Heptageniidae a Integripalpia/Spicipalpia byly významné. V červenci byly Heptageniidae nejčastější potravní skupinou (v 5 vzorcích), druhou byly Gammaridae (nalezeny ve 4 vzorcích). V srpnu a říjnu nebyly ve vzorcích nalezeny žádné potravní skupiny, a v září byly Gammaridae přítomni pouze v jednom vzorku fekálních pelet. Celkově tato studie poskytuje přehled o sezónních změnách v potravě raka signálního a markerech určených pro její analýzu.

Abstract:

This thesis aimed to determine the diet of the signal crayfish in Křesánovský brook in 2020. In addition to that, we aimed to find and test suitable markers for the diet analysis of signal crayfish, which are described in the thesis. We analyzed the crayfish diet by examining DNA from faecal pellet samples collected monthly from April to September. By using group-specific DNA markers, we targeted the main dietary groups such as Heptagenidae (markers Hpt28Sf + Hpt28Sr), Ephemeroptera (Epa28Sf + Epa28Sr), Integripalpia and Spicipalpia (Inspi18Sf + Inspi18Sr), Plecoptera (Ple-gen A269 + Ple-gen S268), Chironomidae (Chiro18Sf + Chiro18Sr), and Gammaridae (Gamae28Sf + Gamae28Sr). We also focused on representatives of macrophytes Characeae (CHA677 + CHA1681R) and Eudicotyledons (MYR152F + MYR1696R). The results showed that the crayfish's diet varied during the sampling season. Gammaridae was the most common food item, found in 54.1% of the samples of faecal pellets. Heptagenidae, Integripalpia, and Spicipalpia were also significant, present in 31.3% of the samples. Plecoptera appeared in 20.8% of the samples, while Chironomidae and Characeae were found in 10.4%. Eudicotyledons were detected in 8.3% of the samples. Ephemeroptera were the least common food group, detected only in 2.1 %. Gammaridae were the most significant component of the crayfish diet in April (found in 7 samples), while Heptagenidae were the second most abundant component. The diet was more diverse in May, but Gammaridae remained the primary food source, followed by Integripalpia and Spicipalpia (in 5 samples). In June, Gammaridae was present in all samples, while Heptagenidae and Integripalpia/Spicipalpia were significant. In July, Heptagenidae was the most common food group (found in 5 samples), with Gammaridae found in 4 samples. No food items were detected in the samples from August and October, and only one sample contained Gammaridae in September. Overall, this study provides insights into both the seasonal variations in the diet of signal crayfish and markers suitable for its analysis.

Keywords

rak signální, analýza potravy, DNA markery, skupinově specifické markery

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 17. 5. 2024

Thesis defence

• Supervisor: doc. Ing. Martin Bláha, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Fisheries and Protection of Waters

Bachelor programme / field:
Zootechnics / Fishery