Predikce a analýza metabolických vlastností bakterií na základě kompletní genomové sekvence

Mgr. Pavol Mikolka

Bachelor's thesis

Prediction and analysis of bacterial metabolic capabilities based on complete genome sequence

Anotácia:

V súčasnej dobe je kompletne sekvencovaných niekoľko stoviek bakteriálnych genómov a ďalšie sú pred dokončením. Výstupné informácie zo sekvenčného procesu je potrebné analyzovať: porozumieť nukleotidovej organizácií na DNA, predpovedať proteóm a odvodiť základné metabolické vlastnosti a fyziológiu skúmanej baktérie. Tento zložitý proces predikcie a analýzy metabolických dráh sme sa pokúsili demonštrovať na príklade baktérie Treponema pallium subsp. pallidum kmeň Nichols.

Abstract:

Several hundreds of the bacterial genomes have been completely sequencing nowadays and the others are before completion. It is necessary to analyze the output data from the sequence process: to understand the nucleotides organization on DNA strands, to predict the proteome and deduce essential metabolic characteristics and the physiology of studying bacteria. We have tried to illustrate this complicated process of prediction and analysis of the metabolic pathways at the example of bacteria Treponema pallidum subsp. pallidum strain Nichols.

Kľúčové slová

metabolická dráha, metabolic pathway, predikcia, prediction genómová anotácia, genome annotation, bioinformatické programy, bioinformatics tools, blastová analýza, blast analysis

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 5. 2008

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 23. 6. 2008
• Vedúci: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biology / General Biology