Struktura a dynamika RNA

RNDr. Ivana Beššeová, Ph.D.

Disertační práce

Structure and Dynamics of RNA

Anotace:

Práce je zaměřena na studium RNA duplexů a několik RNA motivů, konkrétně, trojcestných rozhraní (three-way junction), kink-turnů a vnitřních UAA/GAA smyček, s pomocí molekulově-dynamických simulací. Práce zahrňuje studii geometrie a dynamiky kanonických dvoušroubovic RNA za různých fyziologických koncentrací iontů a použití několika verzí silového pole AMBER pro RNA i pro solvatující molekuly vody. Studie inovativně popisuje sekvenční závislost geometrie duplexů na koncentraci solí. Práce poskytuje detailní náhled na strukturu a dynamiku vybraných sekundárních a terciárních RNA motivů na nanosekundové škále a pro některé z nich navrhuje možné role v biologických procesech.

Abstract:

This PhD thesis is focused on the study of RNA helices and selected RNA motifs, mainly, three-way junctions, kink-turns, and UAA/GAA internal loops, using state-of-the-art molecular dynamics simulations. The geometry and dynamics of canonical RNA helices have been explored under various physiological ionic conditions and by applying various available versions of the AMBER force field for RNA and water molecules. The sequence dependence of the helices’ geometry on salt strength is newly described. the PhD thesis provides a detailed insight into structure and dynamics of individual secondary and tertiary RNA structures on the nanosecond time scale and suggests for some of them possible roles in biological processes.

Keywords

molecular dynamics, three-way junction, kink-turn, A-minor, helix, RNA, duplex, RNA motif

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 3. 2. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 14. 3. 2012
• Vedoucí: prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.
• Oponent: doc. Mgr. Petr Jurečka, Ph. D., doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph. D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Doktorský studijní program / obor:
Biochemie (čtyřleté) / Biomolekulární chemie