Využití sekvenování nové generace ve studiu mikroRNA u kolorektálního karcinomu

Bc. Zdeňka Kosařová

Diplomová práce

Usage of next generation sequencing for analysis of microRNAs in colorectal cancer

Anotace:

Kolorektální karcinom patří mezi nejčastější onkologické diagnózy v České republice. Jedním z důvodů vysoké mortality je pozdní diagnostika onemocnění. Současné studie proto usilují o nalezení nových specifických neinvazivních biomarkerů, které by umožnily spolehlivě odhalit již časná stádia tohoto onemocnění. Jednou z možných variant se jeví využití rozdílných expresních profilů cirkulujících mikroRNA. MikroRNA jsou zapojeny do mnoha buněčných procesů a jejich exprese je často deregulována v nádorových buňkách. Cílem této diplomové práce bylo nalézt panel cirkulujících mikroRNA, které by sloužily jako nové biomarkery pro časnou diagnostiku kolorektálního karcinomu. K tomuto účelu bylo použito sekvenování nové generace (Illumina). Klíčovým aspektem bylo zavést a optimalizovat přípravu knihovny pro analýzu mikroRNA ze vzorků krevního séra. Na základě srovnání expresních hladin mikroRNA u pacientů v časných stádiích kolorektálního karcinomu (I. a II. klinické stádium) a zdravých kontrol byly za nejslibnější diagnostické mikroRNA označeny miR-10b, miR-125b, miR-141, miR-144, miR-1247 a miR-4732. Tyto výsledky bude nutné dále validovat na širším souboru pacientů.

Abstract:

Colorectal cancer is one of the most common types of cancer in the Czech Republic. One of the reasons for high mortality of the disease is a late diagnosis. Therefore, several efforts have been made to find new non-invasive biomarkers in order to distinguish early clinical stages of this disease. One possible way is to use different expression profiles of circulating microRNA. MicroRNAs play an important role in numerous cellular processes including cancerogenesis and their expression is frequently deregulated in various cancers. The aim of this thesis was to find a panel of circulating microRNAs that could serve as new biomarkers for early diagnosis of colorectal cancer. For this purpose, next generation sequencing (Illumina) was used. A key aspect was to establish and optimize the preparation of next generation sequencing library for analysis of microRNAs in serum samples. Based on the comparison of microRNAs expression levels between patients in the early stages of colorectal carcinoma (I. and II. clinical stage) and healthy controls miR-10b, miR-125b, miR-141, miR-144, miR-1247 and miR-4732 seem to be the most promising diagnostic microRNAs. Additional validation of these results will be necessary.

Klíčová slova

sekvenování nové generace, Illumina, mikroRNA, diagnostické biomarkery, kolorektální karcinom, Next Generation Sequencing, microRNA, diagnostic biomarkers, colorectal cancer

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 11. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 6. 2015
• Vedoucí: doc. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Molekulární biologie a genetika