Backend pro databázi parciálních atomových nábojů

Bc. Miroslava Voglová

Bakalářská práce

Backend for partial atomic charges database

Anotace:

Parciální atomové náboje jsou důležitým teoretickým konceptem, který pomáhá ve studiu chemických a fyzikálních vlastností molekuly. Jelikož jejich výpočet má netriviální časovou složitost, má smysl hodnoty nábojů ukládat a zveřejňovat. Cílem této bakalářské práce bylo navrhnout a implementovat backend pro databázi parciálních atomových nábojů, která poskytuje napočítané náboje pro molekuly z veřejně přístupných databází. Nejprve jsem navrhla databázi vhodnou pro ukládání molekulárních struktur a nábojů k nim napočítaných. Poté jsem vytvořila skripty, které automatizovaně získávají, validují a ukládají struktury molekul. Nakonec jsem vytvořila skripty, které obsluhují výpočet nábojů a jejich ukládání do databáze. Výsledkem této práce je backend pro databázi parciálních nábojů, který je nasazen na virtuálním stroji v prostředí MetaCentra.

Abstract:

Partial atomic charges are important theoretical concept, that gives us insight into the physical and chemical properties of molecules. Calculation of charges is resource-demanding, so storing and publishing values of charges is useful. Therefore the goal of this thesis is to propose and implement backend for database of partial atomic charges. First, I proposed database suitable for storing molecular structures and atomic charges. Second, I created scripts for automated acquisition, validation and storing this structures. Finaly I created scripts that operate charges calculation and insert charges into database. Result of this thesis is backend for partial atomic charge database, which is deployed on a machine in MetaCentrum cloud.

Klíčová slova

parciální atomové náboje, chemoinformatika, databáze, ChargeDB, automatizace, backend, partial atomic charges, chemoinformatics, database, automatization

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 9. 1. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 14. 2. 2017
• Vedoucí: RNDr. Tomáš Raček
• Oponent: Mgr. Vladimír Horský

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Informatika / Počítačové systémy a zpracování dat