Sledování exprese genů zapojených ve stresové odpovědi u Daphnia magna

Adéla BOKIŠOVÁ

Bachelor's thesis

Evaluation of gene expression involved in stress response in Daphnia magna

Abstract:

Práce se zabývá genovou expresí u organismu Daphnia magna, a hypotézou, že sledování exprese genů poskytuje ve srovnání s toxikologií podrobnější informace o působení potenciálně nebezpečných látek a odhaluje mechanismus jejich toxicity. Obsahem práce je charakteristika organismu Daphnia magna a shrnutí jejího všeobecného využití v akvaristice, případně toxikologii a ekotoxikologii. Pozornost je věnována také oboru toxikogenomiky, která má za úkol definovat specifický vzorec genové exprese, která je vlivem daného toxikantu charakteristicky pozměněna. K hodnocení exprese genů a následné analýze se využívá metod klasické kvantitativní polymerázové řetězové reakce v reálném čase (RT-qPCR) nebo DNA microarrays a RNA sekvencování (RNA-Seq). Hlavní částí je shrnutí jednotlivých vědeckých studií, na jejichž základě je hodnocena pravdivost výše uvedené hypotézy.

Abstract:

The thesis deals with gene expression in Daphnia magna and the hypothesis that gene expression monitoring, in comparison to toxicology, provides more detailed information about the effects of potentially dangerous substances and reveals the mechanism of their toxicity. The thesis also summarizes characteristics of Daphnia magna and its general use in fishkeeping, alternatively in toxicology, and ecotoxicology. Attention is also drawn to the field of toxicogenomics, which is designed to define a specific pattern of gene expression that is altered in a characteristic way by the given toxicant. The classical real-time quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) or DNA microarrays and RNA sequencing (RNA-Seq) are used to evaluate and analyze gene expression. The main part is a summary of individual scientific studies on the basis of which the truth of the above hypothesis is evaluated.

Keywords

Daphnia magna, genová exprese, toxikogenomika, RT-qPCR, DNA microarrays, RNA-Seq

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 24. 4. 2019

Accessible from:: 31. 12. 2999

Thesis defence

• Date of defence: 5. 6. 2019
• Supervisor: Mgr. Jiří Červeň

University of Ostrava

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Experimental Biology