Modul pro automatickou analýzu biologických experimentů

Bc. Ondřej Lošťák

Bachelor's thesis

Automatic analysis module of biological experiments

Anotácia:

Cílem této práce je navrhnout analyzační modul experimentálních dat ve formátu časových řad pro platformu CMP (Comprehensive Modeling Platform). V práci se rozebírá význam biologických experimentů v CMP a k čemu slouží jejich analýza. Dále jsou zde rozebrány základní metody pro analýzu časových řad. Modul je navržen přímo na míru CMP a rozšiřuje její API jádro. Pro snadné přidání nových analýz byl implementován framework v jazyce PHP. Výsledkem je, že vývojáři CMP mohou snadno přidat novou analýzu, která může volat software třetích stran. Funkčnost frameworku byla demonstrována na několika příkladových studiích analýz. V neposlední řadě bylo rozšířeno uživatelské rozhraní v ReactJS o možnost volání analýz s cílem zprostředkování výsledku uživateli.

Abstract:

The goal of this bachelor thesis is to design and implement the module for analysis of experimental data in the form of time series for CMP (Comprehensive Modeling Platform). In this work we discuss the meaning of biological experiments in CMP and what is their analyzing for. There are also described basic analysis methods for time series analysis. The module is designed to suit the platform, to cover all needs, and extend its API core. We implemented a framework in the programming language PHP to simplify addition of new analysis methods. The result is that developers can easily add new analysis which also can call third party software. Functionality was demonstrated in several examples of analyses. Last but not least, frontend of CMP, which is programmed in ReactJS, was extended with functionality to call analysis and show results to users.

Kľúčové slová

CMP, biologický experiment, časové řady, analýza, API

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 5. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 1. 7. 2021
• Vedúci: RNDr. Matej Troják
• Oponent: Mgr. Eva Šmijáková

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Bioinformatics