Bioinformatická analýza mykobakteriálních glykosyltransferas

Mgr. Zuzana Žufanová

Bakalářská práce

Bioinformatic analysis of mycobacterial glycosyltransferases

Anotace:

Práce se věnuje genomu bakterie Mycobacterium tuberculosis, což je bakterie, která může způsobit tuberkulózu. Protože má tato bakterie málo propustnou buněčnou stěnu, která komplikuje léčbu tohoto onemocnění, věnuje se práce glykosyltransferasam, které tato bakterie používá mimo jiné na stavbu buněčné stěny. Ze zmíněných důvodů se tato práce zabývá identifikací zatím nepopsaných glykosyltransferas v genomu bakterie Mycobacterium tuberculosis CDC1551. Pro jejich vyhledání se využívá program Phyre, což je program, který se zabývá předpovědí 3D struktury proteinů ze sekvence. Tento program má také funkci umožňující použít protein s již vyřešenou 3D strukturou pro prohledání konkrétního genomu a tímto způsobem nalézt proteiny, které by s určitou pravděpodobností mohly být strukturně podobné. Z nalezených proteinů byly nakonec vybrány některé hypotetické proteiny, které byly dále zkoumány pomocí funkcí programů Phyre a BLAST s cílem předpovědět jejich pravděpodobnou funkci a určit, zda by se mohlo jednat o glykosyltransferasy.

Abstract:

This thesis deals with the genome of the bacterium Mycobacterium tuberculosis that can cause tuberculosis. Because this bacterium produces cell wall of a low permeability which causes complications during the treatment of this disease, this thesis deals with the glykosyltransferases that can take part in building cell wall. The work was focused on the identification of the glykosyltransferases in the genome of the Mycobacterium tuberculosis CDC1551 which have not been known yet. Searching is done by the Phyre program. This program predicts the structure of proteins from sequences and has more functions. One of these functions is the possibility of using a protein with the known 3D structure and to go through the genome of a specific organism to find proteins that can share structure similarity. Some hypothetical proteins that were found, were analysed by Phyre and BLAST to predict their probable function and to determine if they could be glycosyltransferases.

Klíčová slova

glykosyltransferasy, Mycobacterium tuberculosis, Phyre, hypotetický protein, glycosyltransferases, hypothetical protein

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2014
• Vedoucí: prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Chemoinformatika a bioinformatika