Sledování změn genové exprese u Hrotnatky velké po vystavení toxikantům

Adéla BOKIŠOVÁ

Master's thesis

Differential gene expression in Daphnia magna after exposure to toxicants

Abstract:

Tato diplomová práce se zabývá sledováním změn genové exprese u organismu Daphnia magna po expozici vybranými toxikanty ze skupiny kovů a nanomateriálů. Konkrétně je sledován vliv chloridu kademnatého (ClCd2), chloridu hlinitého (AlCl3) a nanoformy oxidu hlinitého (Al2O3NP). Teoretická část práce vedle hodnocení a sledování procesu genové exprese zahrnujícího izolaci genetického materiálu a jeho zpracování pomocí procesů reverzní transkripce a PCR reakce, rozebírá především podobné studie kovů a nanomateriálů a popisuje úlohu nejčastěji monitorovaných genů. V rámci experimentální části práce je detailně popsán chov i proces testování od nasazení testu až po vyhodnocení PCR reakce prostřednictvím relativní kvantifikace. Cílem práce bylo také charakterizovat funkce jednotlivých genů, které jsou v rámci studií tohoto organismu sledovány a zvolit vhodné referenční geny, pomocí kterých budou hodnoceny jednotlivé experimenty.

Abstract:

This diploma thesis deals with the monitoring of changes in gene expression in the organism Daphnia magna after exposure to selected toxicants from the group of metals and nanomaterials. Specifically, the effect of cadmium chloride (ClCd2), aluminium chloride (AlCl3), and the nanoform of aluminium oxide (Al2O3NP) was studied. The theoretical part of the work, in addition to evaluating and monitoring the process of gene expression, which includes the isolation of genetic material and its processing using reverse transcription and PCR reaction, discusses similar studies of metals and nanomaterials and describes the role of the most frequently monitored genes. The experimental part of the work describes the breeding and testing process in detail - from the start of the test to the evaluation of the PCR reaction by means of relative quantification. The aim of the work was also to characterize the function of individual genes, which are being monitored in the studies of this organism and to select suitable reference genes, which will be used to evaluate individual experiments.

Keywords

Daphnia magna, genová exprese, qPCR, relativní kvantifikace, chlorid kademnatý, chlorid hlinitý, nanoforma oxidu hlinitého, aktin, ubikvitin, alfa-tubulin, monooxygenáza, slit homolog, 18S rRNA, lektin, vitellogenin-superoxid dismutáza, chitináza, metalothionein

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 10. 5. 2021

Accessible from:: 31. 12. 2999

Thesis defence

• Date of defence: 23. 6. 2021
• Supervisor: Mgr. Jiří Červeň

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Experimental Biology