Průzkum nesrovnalostí v datových souborech pro predikci vazebných míst RNA vázajících proteinů pomocí hlubokého učení. – Bc. Marko Vrábel
Bc. Marko Vrábel
Master's thesis
Průzkum nesrovnalostí v datových souborech pro predikci vazebných míst RNA vázajících proteinů pomocí hlubokého učení.
Exploration of encoded sequence bias in benchmark datasets for RNA binding protein binding site prediction using deep learning.
Abstract:
Pochopení mechanismů mnoha buněčných procesů vyžaduje identifikaci vazeb-ných míst RNA-vázajících proteinů (RVP), neboť hrají zásadní roli v genové regulaci. Bylo vyvinuto mnoho výpočetních technik, včetně modelů hlubokého učení, které se ukázaly jako vysoce účinné při identifikaci vazebných míst RVP. Všechny navržené metody však byly trénovány a vyhodnoceny na stejných referenčních souborech dat …moreAbstract:
Understanding the mechanisms behind many cell processes requires an identification of the binding sites of RNA-binding proteins (RBPs), as they play crucial roles in gene regulation. Many computational techniques have been developed, including deep learning models, which have shown to be highly effective in identifying RBP binding sites. However, all the proposed methods have been trained and evaluated …more
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 19. 5. 2022
Identifier:
https://is.muni.cz/th/d0sx9/
Thesis defence
- Date of defence: 16. 6. 2022
- Supervisor: PhD Panagiotis Alexiou
- Reader: Ph. D Nicolas Blavet
Citation record
ISO 690-compliant citation record:
VRÁBEL, Marko. \textit{Průzkum nesrovnalostí v datových souborech pro predikci vazebných míst RNA vázajících proteinů pomocí hlubokého učení.}. Online. Master's thesis. Brno: Masaryk University, Faculty of Science. 2022. Available from: https://theses.cz/id/9jj2t3/.
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceMaster programme / field:
Biochemistry / Bioinformatics
Theses on a related topic
-
Predikce vazebních míst proteinu p53
Jozef Radakovič -
Functional and structural study of RNA-binding proteins involved in RNA metabolism
Veronika Bačíková -
Study of protein-RNA complexes by computational methods
Josef Pasulka -
Studium interakčního místa RNA-vázajícího proteinu pomocí NMR a výpočetních metod
Tomáš Hošek -
Strukturní a funkční charakterizace RNA vazebné domény lidských proteinů IMPDH
Jan Herudek -
Functional and structural study of RNA-binding proteins involved in RNA metabolism
Veronika Bačíková -
Identifikace cílů RNA vazných proteinů pomocí Machine Learning algoritmů
Eliška Chalupová -
Klasifikace pomocí metod strojového učení
Tomáš Pompa