Plugin do nástroje PyMOL

Anna ŠPAČKOVÁ

Bakalářská práce

PyMOL Plugin

Anotace:

Software PyMOL neumožňuje nějaké funkce, kvůli tomu jsou programovány dodatečné kódy zajišťující rozšiřující možnosti a funkce softwaru. V rámci této práce bude vytvořen vlastní plugin pro identifikaci párování (kanonického i nekanonického) a určení míry stackingu bází načtené DNA či RNA molekuly. Dále by měl modul umožnit na základě těchto dat identifikovat a vizualizovat strukturální motivy v načtené molekule, případně i vygenerovat 2D mapu sekundární struktury. V teoretické části budou popsány možnosti vytváření modulů a popsána struktura nukleových kyselin, kterými se práce zabývá.

Abstract:

Software PyMOL does not aloww some features therefore, additional codes are programmed. In this aim will be explored and described the possibility of creating PyMOL plugins, hereafter will be described nucleic acids. After studying this issue, will be created plugin to identify the base pairing of the loaded DNA and RNA molecules. The module will alow identify and visualize structural motifs in the loaded molecule, eventually generate a 2D map of the secondary structure.

Klíčová slova

bioinformatika, PyMOL, plugin, Python, algoritmus, nukleové kyseliny, DNA, RNA, dusíkatá báze, stohování bází, párování bází, strukturní motiv

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Tomáš Kühr, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Bioinformatika