Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u čápa bílého (Ciconia ciconia)

Tereza GAJDOŠÍKOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in White Stork (Ciconia ciconia).

Abstract:

V teoretické části jsem se nejprve věnovala taxonomickému zařazením řádu brodiví do systému ptáků a jak se tento systém v minulosti vyvíjel. Uvedla jsem bližší charakteristiku řádu brodiví, čeledi čápovití a čápa bílého jako testovaného druhu. Dále jsem se věnovala obecné charakteristice mikrosatelitů jako takových, mikrosatelitům z řádu tučňáci a univerzálním ptačím mikrosatelitům. V poslední části jsem popsala způsoby hledání mikrosatelitových lokusů se zaměřením na cross-species PCR amplifikaci. V praktické části jsem testovala polymorfismus mikrosatelitových lokusů na genomické DNA 6 nepříbuzných jedinců čápa bílého s využitím 173 párů primerů, z nichž 113 bylo od zástupců z řádu tučňáci, 36 párů primerů bylo navržených pro amplifikaci EST ptačích mikrosatelitů a 24 párů primerů navržených pro amplifikaci konzervovaných ptačích mikrosatelitů. Těmito páry primerů jsem u 6 nepříbuzných jedinců čápa bílého detekovala celkem 19 polymorfních lokusů, z toho 9 polymorfních mikrosatelitů bylo navrženo pro mikrosatelity 6 druhů tučňáků a po 5 polymorfních mikrosatelitech navržených pro EST ptačí mikrosatelity a pro konzervované ptačí mikrosatelity.

Abstract:

In the Theoretical Part, I commenced with the taxonomic categorization of the order Ciconiiformes into the avian system and its historical development. The closer characterisations of the order Ciconiiformes, Ciconiidae and White Stork respectively were provided. Furthermore, microsatellites in general, microsatellites in Sphenisciformes and universal avian microsatellites were characterised. In the last chapter, the methods for finding polymorphic microsatellite loci with the focus on crossspecies PCR amplification were described. In the Practical Part, I examined the polymorphism of microsatellite loci on genome DNA of 6 non-relative White Storks using 173 pairs of primers. Out of the 173 primers, 113 pairs were extracted from the order of Sphenisciformes, 36 pairs were intended for the amplification of EST avian microsatellites and 24 pairs were intended for the amplification of conserved avian microsatellites. Using the aforementioned pairs of primers, I detected an overall 19 polymorphic loci in 6 non-related White Storks. The 19 identified polymorphic loci consisted of 9 polymorphic microsatellites from the group of microsatellites of 6 Penguin species, 5 polymorphic microsatellites designed for EST avian microsatellites and 5 polymorphic microsatellites designed for conserved avian microsatellites.

Keywords

brodiví, Ciconia ciconia, čáp bílý, mikrosatelity, cross species PCR amplifikace

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 24. 7. 2020

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology