Mikrosatelity pro odlišení odrůd rakytníku řešetlákového (Hippophae rhamnoides)

Bc. Šárka MICHÁLEK GRYGAROVÁ

Master's thesis

Microsatellites for discriminating of cultivars of sea buckthorn (Hippophae rhamnoides).

Abstract:

Tato diplomová práce se zabývá hledáním vhodných mikrosatelitů, které by bylo možné použít pro odlišení odrůd rakytníku řešetlákového (Hippophae rhamnoides) pěstovaných na území České republiky. Teoretická část se zprvu věnuje charakteristice rakytníku řešetlákového. Další kapitola je zaměřená na obecný popis populační genetiky a DNA markerů s obsáhlejším popisem populační genetiky u rakytníku řešetlákového a detailnější charakteristikou doposud všech známých mikrosatelitů u rakytníku řešetlákového. Poslední dvě kapitoly jsou zaměřené na určení pohlaví u rakytníku řešetlákového a na strukturu jeho genomu. Experimentální část se zabývá analýzou a charakterizací 18 párů primerů, které poskytly polymorfní produkt v mé bakalářské práci (Grygarová, 2022). Těchto 18 párů primerů bylo testováno na DNA 46 rostlin rakytníku řešetlákového, kdy se mělo jednat o 43 různých kultivarů a 3 rostliny bez kultivarového určení. Všech 18 lokusů bylo analyzováno a charakterizováno pomocí populačně-genetických programů Cervus 3.0.7 (Kalinowski et al., 2007) a Genepop 4.7.5 (Rousset, 2008). Celkově bylo detekováno 2 až 12 alel na lokus.

Abstract:

This master thesis deals with the search for suitable microsatellites that could be used for the identification of sea buckthorn (Hippophae rhamnoides) cultivars grown in the Czech Republic. The theoretical part is firstly devoted to the characteristics of sea buckthorn. The next chapter focuses on a general description of population genetics and DNA markers with a more comprehensive description of population genetics in sea buckthorn and a more detailed characterization of all microsatellites known so far in sea buckthorn. The last two chapters focus on sex determination in sea buckthorn and the structure of its genome. The experimental part deals with the analysis and characterization of the 18 primer pairs that provided the polymorphic product in my bachelor thesis (Grygarová, 2022). These 18 primer pairs were tested on the DNA of 46 sea buckthorn plants, where 43 different cultivars and 3 plants without cultivar determination were to be tested. All 18 loci were analysed and characterized using the population genetic programs Cervus 3.0.7 (Kalinowski et al., 2007) and Genepop 4.7.5 (Rousset, 2008). In total, 2 to 12 alleles per locus were detected.

Keywords

rakytník řešetlákový, Hippophae rhamnoides, mikrosatelity, kultivary

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 30. 4. 2024

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / field:
Molecular and Cell Biology / Molecular and Cell Biology