Velkokapacitní sekvenování jako nástroj při studiu paleoparazitologických nálezů a jeho využití pro srovnání parazitárních infekcí u vesnické a raně městské populace

Bc. Kristýna Kuklová

Diplomová práce

High-throughput sequencing as a tool for studying paleoparasitological finds and its use for comparing parasitic infections in rural and early urban populations

Anotace:

Diplomová práce se zabývá analýzou paleoparazitologických vzorků ze sedmi archeologických lokalit metodou velkokapacitního sekvenování. Celkem bylo analyzováno 85 vzorků z hrobových lokalit z 11. století a 10 kontrolních vzorků ze 13. až 14. století. Analýza byla zaměřena na sekvenování oblasti 18S rDNA širokého spektra střevních parazitů pomocí platformy Illumina. Vzorky byly analyzovány v centrální laboratoři Genomika, Ceitec MUNI. Zástupci kmenů Platyhelminthes a Nematoda byly ve vzorcích zastoupeny minoritně (2,6 %). Z parazitických helmintů byl detekován pouze rod Trichuris, který reprezentoval pouhých 0,9 % z celkového zastoupení ve všech vzorcích. Srovnání výskytu parazitárních infekcí na jednotlivých lokalitách nebylo tudíž možné.

Abstract:

In this master’s thesis, paleoparasitological samples from seven archeological sites were analyzed using high-throughput sequencing. A total of 85 samples from 11th century burial sites and 10 control samples from the 13th and 14th centuries were analyzed. The analysis focused on sequencing the 18S rDNA region of a broad spectrum of intestinal parasites using the Illumina platform. The samples were analyzed at the Genomics Core Facility, Ceitec MUNI. Representatives of Platyhelminthes and Nematoda were in the minority (2.6 %) in the studied samples. Of the parasitic helminths, only the genus Trichuris was detected, accounting for only 0.9 % of the total representation in all samples. It was therefore not possible to compare the frequency of parasite infections at individual sites.

Keywords

Parazitární infekce, Helminti, Společenstvo, Velkokapacitní sekvenování, Sekvenování nové generace, Paleoparazitologie, 11. století, Hroby, Parasitic infections, Helminths, Community, High-throughput sequencing, Next generation sequencing, Paleoparasitology, 11th century, Graves

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 5. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 18. 6. 2024
• Vedoucí: Mgr. Barbora Pafčo, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Bohumil Sak, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Antropologie / Antropologie