Struktura BH3 domén apoptotických proteinů

Mgr. Vendula Měchová

Bachelor's thesis

Structure of BH3 domains in apoptotic proteins

Abstract:

V této bakalářské práci jsem se zaměřila na podrobný mechanismus apoptózy, programované buněčné smrti. Klíčovou pozici zaujímá rodina BCL-2 proteinů, která je zodpovědná za změnu propustnosti vnější mitochondriální membrány. BH3-only proteiny, podskupina této rodiny, obsahují strukturně velmi podobné vazebné místo pro komplexující molekuly - BH3 doménu. Pomocí webové aplikce SiteBinder lze tyto strukturní motivy porovnávat a zjistit, do jaké míry je struktura BH3 domény ovlivněna samotným BH3-only proteinem, komplexující molekulou, organismem, ve kterém se nachází, a také funkcí proteinu (aktivátor, enabler).

Abstract:

In this thesis I focused on studying detailed mechanism of apoptosis, programmed cell death. The BCL-2 family of proteins play key role in controlling outer mitochondrial membrane permeabilization. The BH3 only proteins are one of the most important members of this reunion and contain a structurally similar binding region for complexing molecule - the BH3 domain. Using a web application SiteBinder we are able to compare these structures and find out how they are influenced by BH3 only protein itself, by complexing molecule, by organism from which it originates and also by function of these proteins (activator, enabler).

Keywords

Apoptóza, aktivátor, BH3-only proteiny, enabler, BH3 doména, databáze RCSB PDB, SiteBinder, superimpozice, RMSD, apoptosis, activator, BH3 only proteins, BH3 domain, RCSB PDB database, superimposition

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 31. 5. 2012

Thesis defence

• Date of defence: 27. 6. 2012
• Supervisor: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Chemistry / Biologie se zaměřením na vzdělávání