Detection and identification of possible mycoviruses within Diaporthe sp., a major pathogen of Czech grapevines

Bc. Mária Kocanová

Master's thesis

Detekce a identifikace mykovirů rodu Diaporthe sp. – hlavního patogena českých vinic

Abstract:

Diplomová práce na téma “Detekce a identifikace mykovirů rodu Diaporthe sp. – hlavního patogena českých vinic“ byla vypracována v letech 2017 – 2018 na Ústavu ochrany lesů a myslivosti na Lesnické fakultě a na Mendeleu - ústavu genetiky na Zahradnické fakultě Mendelovy univerzity v Brně. Práce byla zaměřena na detekci přítomnosti dsRNA v izolátech patogena révy vinné Diaporthe sp. Výstupem práce bylo potvrzení přítomnosti dsRNA o délce 2 – 2.5 kb, která by mohla odpovídat rodu Mitovirus z čeledi Narnaviridae.Základem metodiky byla izolace a kultivace houbových kultur na médiu a následná extrakce dsRNA dle protokolu, který modifikovali Morrison a Dodds (1979). Postup popsaný v tomto protokolu je založen na navázání nukleových kyselin na celulózu v kolonách, za přítomnosti pufru s podílem etanolu 15 %. Pro identifikaci nalezených dsRNA částic je nutný další výzkum pomocí sekvenování.

Abstract:

The Master Thesis on the topic “Detection and identification of possible mycoviruses within Diaporthe sp., a major pathogen of Czech grapevines” was compiled in 2017 – 2018 at laboratory of Department of Forest Protection and Wildlife Management, Faculty of Forestry and Wood Technology and Department of Genetics, Faculty of Horticulture, Mendel University in Brno.The thesis was focused on detection the presence of dsRNA in isolates of Diaporthe sp., a pathogen of grapevines. An Output of thesis was confirmation of presence dsRNA in length of 2 – 2.5 kb, which could correspond to mycoviral family Narnaviridae, respectively to the genus Mitovirus.Used methods are based on isolation and preparation of fungal cultures on medium, followed by extraction of dsRNA according to protocol modified by Morrison and Dodds (1979). The procedure described in this protocol is based on binding the nucleic acids to cellulose powder in 15% ethanol buffer in columns. For the identification of found dsRNA particles is necessary to continue the investigation by sequencing.

Keywords

dsRNA, biokontrola, choroby kmínku révy vinné, Diaporthe sp., mykovirs

Keywords

biocontrol, Grapevinec Trunk disease, Diaporthe sp., dsRNA, mycovirus

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 7. 5. 2018

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Aleš Eichmeier, Ph.D.
• Reader: Radovan Pokorný, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of Horticulture

Master programme / field:
Horticultural Engineering / International Master of Horticulture Science