Separace a modifikace (fragmentace) bakteriálních nukleových kyselin s využitím nových typů nosičů

Bc. Eva Němcová, Ph.D.

Diplomová práce

Separation and modification (fragmentation) of bacterial nucleic acids using new types of carriers

Anotace:

Byl optimalizován postup izolace bakteriální DNA z buněk rodu Lactobacillus. Optimální koncentrace chloridu sodného pro izolaci DNA pomocí vysolování byla 1,10 - 1,65 M. Testovanou metodou byla izolována DNA v kvalitě vhodné pro PCR. Při izolaci DNA z mléčných výrobků pomocí vysolování nebyl testovanou metodou vliv inhibitorů PCR eliminován. Postup je vhodný pro izolaci a následnou amplifikaci DNA z čistých bakteriálních kultur. Oba typy nosičů aktivované vybraným lanthanoidovým iontem (Eu3+) linearizovaly plazmidovou DNA pBR322 při 76 stupňů Celsia. Aktivovaný nosič Chelex 100 štěpil plazmidovou DNA pBR322 rychleji než aktivovaný nosič P(HEMA-co-GMA). Na základě uvedených výsledků nelze učinit jednoznačný závěr, zda se u daných kmenů rodu Lactobacillus jedná o plazmidovou DNA. Štěpení pomocí nosičů P(HEMA-co-GMA) a Chelex 100 aktivovaných iontem Eu3+ nepotvrdilo, že společně s bakteriální DNA byla izolována i plazmidová DNA.

Abstract:

We have optimalised salting-out method for DNA isolation from Lactobacillus bacterial cells. Optimal concentration of NaCl is about 1,10 – 1,65 M. With this method we isolate DNA in quality suitable for PCR. Isolation DNA by salting-out method from milk products does not eliminate PCR inhibitors. This method is suitable for DNA isolation from pure cultures of bacterial cells. Both types of Eu3+ activated carriers cleave plasmid DNA pBR322 at 76 Celsium degrees . Chelex 100 cleave faster than P(HEMA-co-GMA). Because of our outcome of experiments we do not have to say that the extrachromosomal DNA of Lactobacillus strains is plasmid. DNA cleavage by P(HEMA-co-GMA) a Chelex 100 aktivated carriers do not verify that we isolate chromosomal and plasmid DNA.

Klíčová slova

Lactobacillus, vysolování, štěpení, komplexy lanthanoidů, plazmid, salting-out, cleavage, lanthanide complexes, plasmid DNA

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 22. 5. 2007

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 15. 6. 2007
• Vedoucí: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Obecná biologie