Analýza ITS oblastí u vybraných planých zástupců rodu Musa a jejich využití pro studium diverzity a fylogeneze

Petra ZRŮSTOVÁ

Bakalářská práce

Analysis of the ITS region in selected wild Musa species and their use for diversity and phylogeny studies

Anotace:

Předkládaná bakalářská práce se zabývá studiem oblasti ITS1-5.8S-ITS2 u vybraných zástupců rodu Musa (čeleď Musaceae, řád Zingiberales). Oblast ITS1-5.8S-ITS2 (dále jen ITS) je součástí ribozomální DNA a představuje jeden z nejpoužívanějších molekulárních markerů ve fylogenetických analýzách. Díky variabilitě na úrovni sekvence DNA je vhodná k rozlišení blízce příbuzných druhů nebo dokonce poddruhů. Cílem teoretické části bakalářské práce bylo vypracování literární rešerše na zadané téma. Cílem praktické části bylo sekvenování ITS oblasti u 13 planých druhů rodu Musa a základní analýza sekvenčních dat. Získané nukleotidové sekvence byly editovány a bylo vytvořeno jejich mnohočetné přiřazení. Soubory mnohočetného přiřazení byly použity pro vytvoření tzv. konsensus sekvencí DNA a stanovení nukleotidové diverzity analyzované oblasti. V rámci studovaného souboru druhů bylo zjištěno, že nejvíce heterogenní oblast ITS mezerníku je přítomna u druhu Musa barionensis. Tento planý diploidní druh obsahuje dva typy ITS, které jsou navíc divergované. Naopak nejvíce homogenní oblast ITS byla zjištěna u druhu M. Monticola.

Abstract:

Propounded bachelor´s work deals with analysing ITS1-5.8S-ITS2 region of selected species of genus Musa (family Musaceae, order Zingiberales). ITS1-5.8S-ITS2 spacer of ribosomal RNA genes represents one of the most utilized molecular marker in phylogenetic analyses. Thanks to its sequential variability it is appropriate to distinguish closely related species or even subspecies. The aim of theoretical part of bachelor´s work was writing a literary introduction about assigned theme. The aim of practical part was sequencing of ITS region from 13 wild Musa species and basic analysis of sequencing data. Multiple alignments were prepared from edited sequences and used for creating consensus sequences. Multiple alignments were also used for estimation of nucleotide diversity of ITS region in individual analyzed accessions. The highest sequence diversity within evaluated accessions was find out in Musa barionensis. This wild diploid species contains two types of ITS region, which are even diverged. On the other hand, the lowest nucleotide diversity, i.e. the highest homogenity, was present in M. Monticola.

Klíčová slova

Musa spp., ITS, molekulární markery, diverzita, evoluce v koncertu

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 4. 2012

Zveřejnit od: 23. 4. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Eva Hřibová, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie