Molekulárně-biologický přístup stanovení viability bakterií

Mgr. Radka Tihelková

Bachelor's thesis

Molecular methods for the assessment of bacterial viability

Abstract:

Stanovení viability bakterií je jednou z nejzákladnějších potřeb klinické praxe. Tradiční způsob, kultivace, je však v mnoha ohledech již nedostačující, neboť většina mikroorganismů není schopna růst a množit se na klasických kultivačních půdách. Molekulárně-biologické metody jsou schopny detekovat i nekultivovatelné bakterie, samy o sobě však nejsou schopny rozlišit mezi živými a mrtvými buňkami. Přidáním dalšího kroku ke klasickým molekulárně-biologickým stanovením lze sortovat buňky na viabilní a nonviabilní. Tento selekční krok procesu může být zaměřen na membránovou integritu, metabolickou aktivitu, schopnost interakce bakteriální buňky s prostředím a na přítomnost a stabilitu nukleových kyselin buněk bakterií. Cílem této bakalářské práce bylo provést souhrn molekulárně-biologických metod vhodných pro stanovení viability bakterií v klinickém vzorku a výběr optimální odběrové a transportní soupravy pro toto stanovení. V této práci jsou také diskutovány výhody a nevýhody použití jednotlivých metod v kontextu s klinickou praxí.

Abstract:

The assessment of bacterial viability is one of the most fundamental needs for the clinical practise. Traditional approach, cultivation, is insufficient from several points of view, because most of the microorganisms is not possible to cultivate by classical way. Molecular methods are able to detect uncultivable bacteria, but cannot distinguish between live and dead bacteria. Viability sorting with molecular approach is possible by adding a special step, which can discriminate between viable and nonviable bacteria. This step can be focused on membrane integrity, metabolic activity, bacterial cell – extracellular enviroment interaction and nucleic acid presence and stability. The aim of the thesis was to make a summary of the molecular methods, which are able to distinguish viable bacteria from clinical samples and make a choice of appropriate collection and transport kit which is suitable for the molecular analyzes and can keep the viability of bacteria in clinical sample. In this thesis are also discussed advantages and disadvantages of individual methods in the context to clinical practise.

Keywords

viabilita bakterií, kultivační techniky, molekulárně-biologické metody, CFU, inhibitory PCR, bacterial cell viability, bacterial culture, molecular techniques, colony forming unit, PCR inhibitors

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 15. 5. 2012

Thesis defence

• Date of defence: 19. 6. 2012
• Supervisor: doc. MUDr. Tomáš Freiberger, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / General Biology