Bioinformatické zpracování sekvenačních dat pro účely genetických studií

Peter Javorka

Diplomová práce

A computational pipeline for forward genomics

Anotace:

Sekvenovanie novej generácie je fenomén vyskytujúci sa v biológii, ktorý umožňuje vygenerovať veľké množstvo genetických dát, vďaka ktorým je možné zistiť biologickú funkciu génu. Táto práca je zameraná na vytvorenie jedného komplexného nástroja pre neinformatikov, ktorý umožní rozšírenie analýzy dát zo sekvenátorov novej generácie. Výpočtový nátroj umožní vizualizáciu EMS indukovaných mutácií v Arabidopsis Thaliana. Na vytvorenie spomínaného nástroja sme analyzovali a použili existujúci softvér, ktorý rieši niektoré časti v našom nástroji.

Abstract:

Next-generation sequencing (NGS) is a phenomena in the biological field, which enables to generate large amount of genetic data, through which the biological gene function can be examined. This thesis aims to create a single comprehensive tool, which can be used by non-informaticians to widespread the analysis of the NGS data. Computational pipeline - the heart of the tool, enables visualization of EMS-induced mutations in Arabidopsis Thaliana. To create mentioned pipeline, we analyzed and used existing software, which solves some of the parts of the pipeline.

Keywords

Arabidopsis thaliana, SNP, pipeline, EMS, NGS

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 5. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2018
• Vedoucí: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika