Aplikace barcodingu na rod \kur{Folsomia} (Collembola) a mitochondriální genom \kur{F. candida}

Bc. Martina SLÁMOVÁ

Bakalářská práce

Application of DNA barcoding on genus \kur{Folsomia} (Collembola) and mitochondrial geonome of \kur{F. candida}

Anotace:

Testovali jsme použití molekulárního markeru COI pro při identifikaci druhů rodu Folsomia (Collembola). Marker byl úspěšně amplifikován a osekvenován. Dendrogram konstruovaný metodou Neighbor-Joining s modelem Kimura-2-Paremeter rozdělil testované jedince do očekávaných skupin a vysoká vnitrodruhová variabilita F. quadriocullatat ukazuje na existenci kryptických druhů. Dále jsme získali 65 % mitochondriálního genomu F. candida, kde jsme identifikovali 16 genů pro tRNA, 9 genů kódujících proteiny a 2 geny pro rRNA. Pozice všech nalezených genů se shodují s pořadím zjištěným u G. hodgsoni, a jejich charakteristika se výrazně neodlišuje od ostatních mitochondriálních genomů zastupců řádu Collembola.

Abstract:

Mitochondrial molecular marker COI was tested for use in species identification of selected species of genus Folsomia (Collembola). Marker was succesfuly amplified and sequenced. Dendrogram constructed by Neighbor-Joining method with Kimura-2-Parameter model grouped all individuals into presumed species clusters and high intraspecific variability of F. quadrioculata suggests the existence of cryptic species. Furthermore, 65 % of mitochondrial geonome of F. candida was obtained with 16 tRNA genes, 9 proteincoding genes and 2 rRNA genes identified. So far the genome characteristics correspond to the one described in G. hodgsoni.

Klíčová slova

collembola, Folsomia candida, mitochondrie, mtDNA, COI, barcoding, sekvenování, molekulární marker, identifikace druhů

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 8. 1. 2008

Zveřejnit od: 8. 1. 2008

Identifikátor: 3944

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 30. 1. 2008
• Vedoucí: PaedDr. Martina Žurovcová, Ph.D.

JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Biomedicínská laboratorní technika