Využití mikrosatelitních markerů pro studium populační struktury srnčí zvěře na Drahanské vrchovině a okolí

Bc. Eliška Podlipná

Master's thesis

Use of microsatellite markers for the study of roe deer population structure in the area of Drahanská vrchovina and its surroundings

Abstract:

Diplomová práce se zabývá určením genetické struktury a statistických parametrů srnčí zvěře na Drahanské vrchovině a okolí. V letech 2017 - 2020 bylo na území ŠLP Křtiny, VLS (divize Plumlov) a Lesů ČR (LS Černá hora) odebráno 116 vzorků svaloviny srnčí zvěře. Ze svaloviny byla izolována DNA, která byla dále využívána pro mikrosatelitní analýzu s využitím 11 mikrosatelitních markerů. Pro doplnění mikrosatelitního panelu z mé bakalářské práce byla optimalizována druhá multiplex PCR se čtyřmi doplňujícími mikrosatelitní markery. Pomocí programu STRUCTURE 2.3.4 bylo stanoveno, že na sledovaném území se nachází jedna populace srnčí zvěře, která není rozdělena žádnou migrační bariérou (včetně dálnice D1) omezující tok genetické informace. Statistické analýzy (prováděné pro 90 vybraných vzorků) dále stanovily, že sledovaná populace nevykazuje odchylky od Hardy Weinbergovy rovnováhy a že pozorovaná heterozygotnost na daných lokusech je vyšší než očekávaná, což poukazuje na vysoký genetický potenciál populace.

Abstract:

The goal of this diploma thesis was to determine genetic structure and statistic parameters of roe deer in the area of Drahanská vrchovina and its surroundings. A total of 116 samples of roe deer muscle tissue was taken in the area of ŠLP Křtiny, VLS (division Plumlov) and Lesy ČR (forest service - Černá hora) in the 2017 – 2020 period. DNA was isolated from muscle tissue and used for microsatellite analysis using 11 microsatellite markers. Another multiplex PCR with four additional microsatellite markers was optimized to supplement microsatellite panel from my bachelor´s thesis. Program STRUCTURE 2.3.4 was used to determine that only one population of roe deer is present in the monitored area and this area is undivided by any migration barriers (including the D1 motorway) restricting the flow of genetic information. Statistical analysis (performed on 90 selected samples) further determined no deviation from Hard-Weinberg equilibrium and higher values of observed heterozygosity compared to the expected heterozygosity. This indicates high genetic potential of the population.

Keywords

populační genetika, multiplex PCR, mikrosatelitní analýza, srnec obecný

Keywords

roe deer, population genetics, multiplex PCR, microsatellite analysis

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 22. 4. 2021

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Martin Ernst, Ph.D.
• Reader: Zdeněk Vala, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of Forestry and Wood Technology

Master programme / field:
Animal Breeding / Animal Biotechnology