Sekvenční zarovnání proteinových struktur

Mgr. Jakub Vallo

Bachelor's thesis

Sequence alignment of protein structures

Anotácia:

Analýza proteínov ako organických molekúl je dôležitou úlohou v pochopení metabolických procesov v živých organizmoch. Cieľom tejto práce je analyzovať dostupné metódy sekvenčného zarovnávania proteínov, navrhnúť vhodné riešenie a spolupracovať s vývojarskym týmom Caver na implementácii zvolených algoritmov. Algoritmy sú implementované v programovacom jazyku Java. Kód je v práci okomentovaný cez Java triedy, ktoré sú dostupné v priložených súboroch. Dosiahnutím týchto cieľov sú výrazne vylepšené možnosti analýzy proteínov v aplikácii Caver Analyst a je posilnený ďalší výskum v tejto doméne.

Abstract:

Analysis of proteins as organic molecules is a crucial task in understanding the metabolic processes in living organisms. The aim of this thesis is to analyze currently available sequence alignment methods, suggest appropriate solution and cooperate with Caver development team on the implementation of the chosen algorithms. Algorithms are implemented in Java programming language. The code is described through Java classes, which are available in the enclosed files. Achieving these goals, capabilities of protein analysis in Caver Analyst are significantly improved and further research in this domain is enhanced.

Keywords

sequence, alignment, global alignment, dynamic programming, protein, structure, Caver Analyst, Needleman-Wunsch algorithm

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 18. 6. 2014
• Vedúci: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Jan Byška, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Bioinformatics