Analýza PIWI-interagujících RNA u pacientů s kolorektálním karcinomem s využitím sekvenování nové generace

Mgr. Karolína Štítkovcová

Bachelor's thesis

Analysis of PIWI-interacting RNAs in colorectal cancer patients using next-generation sequencing

Anotácia:

Kolorektální karcinom (CRC) je třetí nejčastější nádorové onemocnění na světě a obsazuje přední místa z hlediska mortality. V posledních letech vzrostl zájem o identifikaci nových nádorových markerů, které by mohly být vhodné pro časnou diagnostiku CRC a jejichž analýza by nevyžadovala invazivní zásah do těla pacientů. Řada studií již potvrdila přítomnost PIWI-interagujících RNA (piRNA) ve vzorcích tělních tekutin pacientů s různými nádorovými onemocněními, avšak v souvislosti s CRC nebyla dosud publikována žádná studie. Hlavním cílem bakalářské práce bylo analyzovat expresní profily těchto malých molekul ve vzorcích krevního séra pacientů s CRC a zdravých dárců, jejichž exprese je deregulována u CRC. Na základě srovnání expresních hladin biomarkerů ve vzorcích krevního séra pacientů s CRC a zdravých dárců byly nalezeny biomarkery, které se ukazují jako slibné biomarkery pro neinvazivní časnou detekci CRC. Získané výsledky však bude nutné validovat na větším souboru vzorků.

Abstract:

Colorectal cancer (CRC) is the third most common cancer in the world and it occupies one of the leading positions in mortality. In the last few years, several efforts have been made to identify new biomarkers usable for early diagnosis without invasive techniques. Many studies have confirmed the presence of PIWI-interacting RNAs (piRNAs) in s amples of body fluids of patients with different types of cancer; however, no piRNA has been associated with CRC yet. The main goal of this Bachelor thesis was to analyze the expression profiles of these molecules in the samples of blood serum of patients with CRC and of healthy donors with the aim to identify piRNAs with the deregulated expression. Based on the comparison of the expression levels of piRNAs in the blood serum samples of patients with CRC and healthy donors biomarkers were found to be significantly deregulated in CRC samples. These biomarkers could hopefully serve as novel promising biomarkers for noninvasive early detection of CRC. Nevertheless, the extensive validation on the larger cohorts of patients will be necessary to confirm the results of this study.

Kľúčové slová

kolorektální karcinom, piRNA, PIWI, sekvenování nové generace, diagnostické biomarkery colorectal cancer, Next Generation Sequencing, diagnostic marker

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 6. 2016
• Vedúci: doc. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry