Určení vztahu mezi sekvencemi v blízkosti klastrovaných miRNA a jejich expresí

Bc. Jan Oppelt

Master's thesis

Determination of relationship between sequences in the vicinity of clustered miRNA and their expression

Anotácia:

Cílem této diplomové práce bylo naleznout faktory, které mohou regulovat expresi miRNA, a určit jejich vliv za využití dat ze sekvenátorů příští generace. Jako nejlepší model byly vybrány klastrované miRNA, protože sdílí společnou transkripční část, a jejich finální množství je regulováno až později. V průběhu práce jsem úspěšně vypracoval a aplikoval vhodný postup pro získání informací o genové expresi miRNA z hrubých sekvenačních dat. Použil jsem 31 vhodných veřejně dostupných osekvenovaných vzorků lidských buněčných linií a vytvořil jsem miRNA klustery. Získaná data byla použita k identifikaci vlivu stanovených parametrů v blízkosti miRNA genů na jejich expresi. Výsledkem této práce je objasnění zákonitostí exprese klastrovaných miRNA. Získaná fakta nám mohou pomoci pochopit jakým způsobem je regulována hladina miRNA v organismu

Abstract:

The aim of this diploma thesis was to find the factors, which can regulate the miRNA expression and determine their relationship using the next-generation sequencing data. I chose clustered miRNAs as the best model because they share the transcription stage and their final levels are regulated later on. During the work, I have successfully developed and applied a suitable workflow for the miRNA expression analysis from a raw sequencing data. I have used 31 suitable publicly available sequenced samples of human cell lines and created miRNA clusters. I used obtained data for the identification of relationships between defined parameters in the vicinity of miRNA genes on their expression. The result of this work is the clarification of expression regularities of the clustered miRNA. Obtained facts can help us to understand how the level of miRNA in organism is regulated.

Keywords

sekvenování příští generace, exprese, microRNA, klastr, vztah, sekvence, podobnost, parametr, Illumina, next-generation sequencing, expression, clusters, relationship, sequence, similarity, parameter

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 18. 6. 2013
• Vedúci: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D., doc. MUDr. Mgr. Marek Mráz, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Lukáš Pravda

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Biomolecular Chemistry