Web editor of large gene regulatory networks in AEON

Bc. Norbert Husarčík

Diplomová práce

Anotace:

Cieľom diplomovej práce je vytvorenie webovej aplikácie. Aplikácia poskytne editor na vytváranie regulačných sietí (orientovaných grafov). Editor bude obsahovať základnú funkcionalitu pre uzly a hrany, manipuláciu editovacej tabule, viacero možností prispôsobenia vzhľadu uzlov a hrán, rozloženia, vytváranie priehradiek, import/export a ďalšie. Na začiatku práce je uvedený popis génových regulačných sietí a booleovských sietí. Druhá kapitola popisuje cieľových uživateľov a analyzuje existujúci softvér pre vizualizáciu sietí a požiadavky webovej aplikácie. Ďalej sú opísané technológie použité pri implementácii aplikácie. Štvrtá kapitola poskytuje podrobnosti a informácie o implementácii, komponentách, štruktúre, používateľskom rozhraní a funkcionalite. V neposlednom rade sú rozoberané potenciálne vylepšenia a budúce využitie webového editora.

Abstract:

The goal of the master's thesis is to create a web application. The application will provide an editor for creating regulatory networks (directed graphs). The editor will contain basic node and edge functionality, board manipulation, multiple customisation options for nodes and edges, layouts, compartment creation, import/export functionality and more. At the beginning of the thesis, a description of gene regulatory networks and boolean networks is provided. The second chapter describes target users and analyses the existing software for network visualisation and the requirements of the web application. Then, the technologies used in the implementation of the application are described. The fourth chapter gives details and information about the implementation, components, structure, user interface and functionality. Last but not least, the web editor's potential improvements and future use are discussed.

Keywords

Web editor, regulatory network, Cytoscape, node, edge

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 5. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2024
• Vedoucí: RNDr. Samuel Pastva, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Eva Šmijáková

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Řízení softwarových systémů a služeb / Řízení vývoje služeb