Možnosti celogenomového sekvenování při studiu genomů rodu Trifolium

Mgr. Lenka Pátková

Bachelor's thesis

Possibilities of de novo sequencing in the study of Trifolium genomes

Anotácia:

Tato bakalářská práce se zabývá perspektivou využití metod sekvenování nové generace při studiu genomů agronomicky významného rodu Trifolium. V práci je uvedena základní charakteristika tohoto rodu, znalosti o jeho genomu a také charakteristika genomů modelových druhů Medicago truncatula a Lotus japonicus. V práci jsou popsány základní principy a schopnosti metod sekvenování nové generace a jejich možné využití v oblasti genetiky rostlin. U rodu Trifolium má největší význam hledání a vývoj SSR a SNP markerů, které mohou být použity k mapování genomu, identifikaci důležitých genů a objasnění evoluce a fylogenetických vztahů.

Abstract:

The thesis deals with prospects of using next-generation sequencing in study of the agronomical important genus Trifolium. The basic characterization of the genus, information about its genome and also characterization of model species Medicago truncatula and Lotus japonicus genomes is presented in the thesis. The basic principles and capabilities of next-generation sequencing metods and their application in plant genetics are desribed. Identification and development of SSR and SNP markers is the most significant application in the genus Trifolium. These markers could be used for genome mapping, identification of relevant genes or evolutional and phylogenetic studies.

Kľúčové slová

Trifolium, sekvenování nové generace, DNA markery, celogenomové sekvenování, modelové druhy leguminóz, genomika, next-generation sequencing, DNA markers, whole-genome sequencing, model legume species, genomics

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 6. 2013
• Vedúci: doc. RNDr. Jana Řepková, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics