Jaderný profil vybraných proteinů asociovaných s chromatinem závislý na fázích buněčného cyklu

Bc. Terézia Přikrylová

Master's thesis

Cell cycle dependent nuclear pattern of chromatin associated proteins

Abstract:

One of the main approaches in cell biology is to understand the processes taking place in particular cell cycle phases. This diploma thesis is focused on analysis of nuclear pattern of selected chromatin domains. Step by step, there were analysed nuclear patterns of promyelocytic leukemia bodies (PML), splicing factors SC-35, nucleoli and Cajal bodies in different cell cycle phases. Using immunofluorescent staining, there were described morphologic changes occuring during the cell cycle. In the following part of this work, FRAP method was used to compare the kinetics of PCNA and UBF1 protein within the individual phases of cell cycle. The result of our experiments is, that both protein show significant differences in their mobility within different phases of the cell cycle. Furthermore, the mobility of UBF1 protein is cell line dependent. Changes in morphology and mobility described in this diploma thesis contribute for better understeting of replication, transcription, splicing and DNA repair from the view of nuclear arrangement. This diploma thesis was supported by MUNI/C/0955/2012 grant.

Abstract:

Studium procesů probíhajících během jednotlivých fází buněčného cyklu patří k základním přístupům v buněčné biologii. Tato diplomová práce se zabývá analýzou jaderných profilů chromatinových domén a ohnisek proteinů asociovaných s chromatinem. Postupně byl analyzován jaderný profil PML tělísek, faktorů sestřihu SC 35, proteinů jadérek fibrilarinu a Cajalových tělísek během jednotlivých fází buněčného cyklu (BC). Metodami imunofluorescenčního značení byly odhaleny morfologické změny, ke kterým dochází v průběhu BC. V další části práce byla použitím metody FRAP (z angl. Fluorescence Recovery After Photobleaching) porovnaná kinetika proteinů PCNA a UBF1 (z angl. UBF1 - Upstream Binding Factor 1) v jednotlivých fázich BC, přičemž výsledkem je, že oba proteiny vykazují značné rozdíly v dynamice v závislosti na aktuálni fázi buněčného cyklu. V případě proteínu UBF1 bylo zjišteno, že jeho dynamika je taktéž závislá na typu použité buněčné linie. Zjištené morfologické změny a změny v kinetice, ke kterým docházi v průběhu BC, jsou zásadní z hlediska pochopení procesu replikace, transkripce, sestřihu a reparace DNA. Tato práce byla podpořena grantem MUNI/C/0955/2012.

Keywords

Cajalové tělíska, Fibrilarin, PML tělíska, SC-35, UBF1, PCNA, Buněčný cyklus, Chromatin Cajal body, Fibrillarin, PML body, Cell cycle, Chromatin

Language used: Slovak

Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 5. 2014

Thesis defence

• Date of defence: 12. 6. 2014
• Supervisor: doc. RNDr. Eva Bártová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics