Pipeline for analysis and visualization of double-strand breaks reparation

Eva Klimentová

Bachelor's thesis

Anotácia:

Tato práce se zabývá vytvořením jednoduchého a srozumitelného nástroje pro analýzu NGS dat s opraveným dvoubodovým zlomem, který může být použit i uživateli bez hlubších znalostí informatiky. Vytvořený výpočetní nástroj umožňuje uživateli analyzovat a přehledně zobrazit zpracovaná vstupní data. Pro vytvoření nástroje byly použity vlastní scripty společně s již existujícím softwarem. Výsledný nástroj byl otestován na uměle vytvořených datech, reálných sekvenačních datech i datech z experimentu zkoumajícího funkci Ku proteinu při opravě dvoubodového zlomu.

Abstract:

This thesis deals with creating a comprehensive and easy to use tool, which can be used by users non familiar with informatics to analyse NGS data with repaired double-strand break. The created tool – a computational pipeline – enables users to analyze and clearly visualize processed input data. To build the pipeline, various existing software tools were used together with custom implemented scripts. The created tool was tested on both artificially generated and real experimental data from Arabidopsis thaliana as well as on data from an experiment studying functions of Ku protein in double-strand break reparation process.

Keywords

double-strand break reparation, NGS, Ku protein, bioinformatics, pipeline

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 7. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 9. 2020
• Vedúci: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Bioinformatics