Sbírka dat z oblasti proteinové a enzymové biologie

Mgr. Iva Urbanová

Master's thesis

Data collection of protein and enzym molecular biology

Abstract:

Má diplomová práce se zabývá elektronickou organizací sbírky dat centra (dále jen NCBR) při Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity. Jmenovitě sekce zabývající se proteinovým inženýrstvím, kterou vede docent Damborský. (Doc. Mgr. Jiří Damborský, Dr.) Dlouhodobým cílem projektu je portál zpřístupňující vybraná data veřejnosti, vyhledávání informací v nich a možnost jejich zobrazení pomocí různých specializovaných (externích) aplikací. Projekt je nazván Databáze HADES. Pro splnění tohoto cíle bylo nutno převést data do databáze a postavit nad ní funkční rozhraní. Úvodní kapitola čtenáře seznamuje se základními pojmy, vysvětluje použité mechanismy a formáty. Následující kapitola analyzuje zadaný projekt, popisuje jeho požadavky, počáteční stav dat a hlavní problémy, které bylo nutno vyřešit. Postupné pokusy o řešení databáze jsou pak shrnuty v další kapitole a to včetně důvodů zamítnutí předchozích řešení. Nachází se zde také obecný popis výsledného řešení. Předposlední kapitola seznamuje s nástroji použitými pro implementaci, podrobně rozebírá práci s databází a ukazuje čtenáři správcovské a uživatelské rozhraní projektu. V závěrečné kapitole se pak nachází shrnutí dosažených výsledků a výhled do budoucna. Na disku CD přiloženému k této práci je uložena implementace databáze HADES a elektronická forma tohoto textu.

Abstract:

My masters' thesis deals with electronical organisation of data collection of National Centre for Biomolecular Research affiliated to faculty of Science of Masaryk university. Namely protein engineering group which is led by Assoc. Prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. The long term goal of this project is portal offering chosen data to public audience, with capabilities for searching information there and for visualizing them in various specialized applications. Project is called Hades database. In order to achive this goal the data had to be transferred into database with user interface built on top of it. The first chapter explains basic terms, used mechanisms and formats. The following chapter contains analysis of the project, describes its requirements, initial data and main challenges, which had to be solved. Next chapter summarizes the consequent attempts to solve the task and reasons why the author decided to reject initial solutions. It also contains description of the final solution. Penultimate chapter explains the tools used for implementation, it also covers few examples of database-related code and describes both administration and public interface. The final chapter sums up the achieved results and future work. There is implementation of the Hades database as well as electronic version of the text on the CD accompanying this masters' thesis.

Keywords

Databáze, Ruby on Rails, haloalkan dehalogenázy, bioinformatika, objektové programování.

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 19. 5. 2006

Thesis defence

• Date of defence: 23. 6. 2006
• Supervisor: doc. RNDr. Eva Hladká, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / field:
Informatics / Informatics