Analýza rekurentních mutací v genomech vybraných lidských virů a jejich překryvů se sekvencemi schopnými tvořit nekanonické struktury nukleových kyselin

Bc. Amanda FROMELIUSOVÁ

Diplomová práce

Analysis of recurrent mutations in genomes of selected human viruses and their overlays with sequences capable of forming non-canonical nucleic acid structures

Anotace:

Tato diplomová práce se zabývá nekanonickými DNA strukturami u tří vybraných lidských virů. Konkrétně se jedná o viry Zika, Ebola virus a virus SARS-CoV-2. Cílem této práce bylo vypracovat bioinformatickou analýzu a predikovat jednotlivé sekvence s potenciálem tvořit non-B DNA struktury u daných virů a také u jejich shuffled genomů. Dále pro velmi recentní virus SARS-CoV-2 vyhotovit další analýzu, kde budeme zkoumat překryvy sekvencí schopných tvořit non-B DNA struktury s místy mutací viru. Vypracování analýzy probíhalo za použití bioinformatického nástroje Non-B DNA Motif Search Tool. Výsledky jsou ve výsledcích této práce zpracovány statisticky i graficky ve formě přehledných tabulek a grafů. V diskuzi je pohled na non-B DNA struktury a jejich významnost v souvislosti boji proti virovým infekcím.

Abstract:

This thesis deals with non-canonical DNA structures in three selected human viruses. Specifically, these are Zika virus, Ebola virus and SARS-CoV-2 virus. The aim of this thesis was to perform a bioinformatic analysis and predict the individual sequences with the potential of forming non-B DNA structures in the viruses and also in their shuffled genomes. In addition, for the very recent SARS-CoV-2 virus, we will perform another analysis to investigate the overlap of sequences capable of forming non-B DNA structures with the sites of viral mutations. The analysis was performed using the bioinformatics tool Non-B DNA Motif Search Tool. The results of this work are presented statistically and graphically in the form of clear tables and graphs. A view of non-B DNA structures and their relevance in the context of fighting viral infections is discussed.

Klíčová slova

nekanonické struktury, Ebola virus, Zika virus, SARS-CoV-2, shuffled DNA, viry, mutace, infekce, triplexy, G-kvadruplexy, Invertované repetice

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 4. 2023

Zveřejnit od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 5. 2023
• Vedoucí: Mgr. Martin Bartas

OSTRAVSKÁ UNIVERZITA

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Biologie se zaměřením na ekologii a biodiverzitu