Rozpoznání DNA modifikované fluorescenčními značkami a reaktivními funkčními skupinami specifickými proteiny

Bc. Martin Langer

Diplomová práce

Recognition of DNA modified with fluorescent labels or reactive functional groups by specific proteins

Anotace:

Fluorescenční metody obecně představují efektivní způsob studia biologických procesů. Terminální fluorescenční značení DNA patří k běžným technikám využívaným pro sledování DNA-protein interakcí. Naproti tomu nový potenciál pro sledování těchto interakcí nabízí cílená příprava DNA modifikované vhodnými fluorescenčními značkami. V rámci diplomové práce byly připraveny specifické modifikované DNA, a to enzymatickou inkorporací 2‘-deoxyribonukleosid trifosfátů (dNTPs) nesoucí modifikaci v podobě speciálních typů fluorescenčních značek citlivých ke svému blízkému okolí. Cílem modifikace DNA byla příprava vhodných prób pro sledování interakcí nádorového supresorového proteinu p53 s těmito modifikovanými DNA. Byly sledovány jak samotné fluorescenční vlastnosti připravených modifikovaných DNA, tak i využití fluorescence pro vazebné experimenty s různými konstrukty proteinu p53. Vzájemná interakce proteinů p53 s modifikovanou DNA byla následně testována i pomocí metody EMSA. Na základě získaných údajů pak lze do jisté míry definovat vazebné preference p53 pro dané modifikované DNA.

Abstract:

Fluorescence methods generally represent an effective way to study biological processes. Terminal fluorescent labeling of DNA is one of the conventional techniques used for monitoring protein-DNA interactions. On the other hand, there is a potential for monitoring these interactions offered by methodic approaches of targeted synthesis of DNA modified by suitable fluorescent labels. Within this thesis the specific modified DNAs were prepared by enzymatic incorporation of 2'-deoxyribonucleoside triphosphates (dNTPs) carrying a modification in the form of special types of fluorescent markers sensitive to its close surroundings. The aim of the modification was to prepare suitable DNA probes for monitoring the interactions of the tumor suppressor protein p53 with the modified DNA. Both the fluorescent properties of the prepared modified DNA and the fluorescence utillization in binding experiments with different variants of the p53 protein were monitored. Mutual interaction of p53 with DNA was subsequently modified and tested using EMSA method. Based on the acquired data we may then be able to define the binding preference of p53 for the modified DNA.

Klíčová slova

Fluorescenční próby, protein p53, solvatochromní fluorofory, molekulární rotory

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 6. 2016
• Vedoucí: doc. RNDr. Miroslav Fojta, CSc.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie