Nástroj pro detekci buněčných jader v mikroskopických histologických obrazech

Jan BURIAN

Bachelor's thesis

A tool for the detection of cell nuclei in microscopic histological images

Abstract:

Tato bakalářská práce se věnuje vytvoření nástroje pro detekci buněčných jader v mikroskopických histologických obrazech, které byly obarveny barvením H&E. Při návrhu nástroje byl kladen důraz především na detekci jader jaterních buněk. Pomocí tohoto nástroje je rovněž možné natrénovat nové modely. Nástroj k predikci dat a trénování nových modelů využívá framework Detectron2, vytvořený organizací Facebook AI Research. Jako algoritmus pro detekci objektů byl zvolen algoritmus Mask R-CNN, který je součástí Detectronu2. Obecně bylo využito konvolučních neuronových sítí, jako jednoho z nástrojů počítačového vidění. Pro praktické využití nástroje byla vytvořena webová aplikace. Jako experiment bylo natrénováno šest modelů, které byly určeny přímo k detekci jaterních buněčných jader.

Abstract:

The main aim of this work is to develope a tool for the detection of cell nuclei in H&E microscopic histological images. When the tool was designed, it was mainly focused on the detection of liver cell nuclei. This tool can be also used for training new models. For the prediction and the training, the tool implements Detectron2 framework, which is developped by Facebook AI Research. As an object detection algorithm Mask R-CNN was chosen which is included in Detectron2. Basicly, the tool is based on the convolutional neural network, in this case neural network is used as one of the computer vision methods. Mainly for the practical usage of the tool, the web application was created. As an experiment the six models was trained for the detection of cell nuclei.

Keywords

buněčná jádra, lékařství, konvoluční neuronové sítě, počítačové vidění, umělá inteligence, Mask R-CNN, Detectron2

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 23. 5. 2022

Accessible from:: 31. 12. 2999

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Miroslav Jiřík, Ph.D.

University of West Bohemia

Faculty of Applied Sciences

Bachelor programme / field:
Cybernetics and Control Engineering / Artificial Intelligence and Automation