Analýza bakteriálních toxinů pomocí SRM

Bc. Veronika Hrůzová

Master's thesis

Analysis of bacterial toxins employing SRM technique

Abstract:

Diplomová práce se zabývá analýzou vybraných bakteriálních toxinů Clostridium botulinum, 2 toxinu Clostridium perfringens a Clostridium difficile pomocí metod cílené (SRM) a necílené tandemové hmotnostní spektrometrie. U C. botulinum byla ověřena kvalitativní analýza extraktů pomocí cílené hmotnostní spektrometrie s nížší citlivostí, u kmenů s nižší hladinou produkce pak pomocí necílené tandemové hmotnostní spektrometrie a tyto nálezy byly konfrontovány s PCR výsledky jednotlivých kmenů testovacího panelu. Navržení SRM metody pro kvantitativní a kvalitativní hodnocení bylo provedeno u 2 toxinu C. perfringens, kterému předcházelo otestování pilotní analýzy pomocí necílené tandemové hmotové spektrometrie. U C. difficile byl přípraven panel extraktů vybraných kmenů, na kterém byla provedena kvalitativní analýza pomocí necílené tandemové hmotnostní spektrometrie pro následný vývoj širší kvalitativní a výhledově kvantitativní analýzy.

Abstract:

The thesis is focused on the analysis of bacterial toxins Clostridium botulinum, 2 toxin Clostridium perfringens and Clostridium difficile and development and verification tandem mass spectromtery techniques for selected toxins. A qualitative analysis of C. botulinum extracts was investigated by using 4000 QTRAP and Q-Exactive instrumentation and was compared with PCR findings of tested panel of bacterial strains. Designing SRM methods for quantitative and qualitative assessments were performed on 2 toxin of C. perfringens, which was preceded by a pilot test sample analysis by untargeted mass spectrometry. For C. difficile, the panel of extracts containing selected strains was prepared and qualitative analysis using Q-Exactive platform for the implementation of broader qualitative and prospective quantitative analysis was performed.

Keywords

hmotová spektrometrie, Clostridium botulinum, 2 toxin Clostridium perfringens, Clostridium difficile, SRM technika

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 7. 5. 2015

Thesis defence

• Date of defence: 3. 6. 2015
• Supervisor: PharmDr. Jiří Dresler, Ph.D.

University of Pardubice

Faculty of Chemical Technology

Master programme / field:
Special Chemical and Biological Programmes / Analysis of Biological Materials