Vizualizace proteinových rodin pomocí 2D diagramů

Bc. Amálie Švehlová

Bakalářská práce

Vizualization of protein families using 2D diagrams

Anotace:

V současné době máme k dispozici dostatečné množství informací pro zkoumání struktury jednotlivých proteinových rodin. Klíčovým krokem pro studium struktury proteinových rodin je jejich vizualizace. Vhodnou metodikou pro zobrazení kompletních proteinových rodin je jejich vizualizace pomocí 2D diagramů sekundární struktury. K tomuto účelu byl nedávno vyvinut softwarový nástroj 2DProts. Cílem mé bakalářské práce bylo analyzovat kvalitu 2D diagramů, generovaných pomocí nástroje 2DProts. Ve své práci jsem nejdříve sestavila datovou sadu, sestavenou z vybraných molekul měsíce, publikovaných v RCSB PDB. Pro tuto sadu jsem vytvořila webové stránky (https://2DProts-analysis.ncbr.muni.cz), obsahující 2D diagramy, které jsem dále analyzovala. Analýza ukázala, že 2DProts je schopen kvalitně zobrazit široké spektrum proteinových rodin. Závažnější problémy byly nalezeny pouze u 6 % proteinových rodin a 2 % proteinů. Na základě výsledků mé bakalářské práce budou provedeny úpravy softwarového nástroje 2DProts.

Abstract:

Currently, we have sufficient information to investigate the structure of individual protein families. A key step for studying the structure of protein families is their visualization. A suitable methodology for visualizing complete protein families is to visualize them using 2D secondary structure diagrams. The software tool 2DProts has recently been developed for this purpose. The goal of my bachelor thesis was to analyze the quality of 2D diagrams generated by the 2DProts tool. In my thesis, I first prepared a dataset consisting of selected molecules of the month published in the RCSB PDB. For this dataset, I created a website (https://2DProts-analysis.ncbr.muni.cz) containing 2D diagrams, which I further analyzed. The analysis showed that 2DProts is able to display a wide range of protein families with a good quality. Major problems were found only for 6 % of protein families and 2 % of proteins. Based on the results of my bachelor thesis, 2DProts software will be improved.

Klíčová slova

proteiny, proteins, vizualizace, visualization, 2D diagram sekundární struktury, 2D diagram of secondary structure, 2DProts, analýza, analysis

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 17. 5. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 28. 6. 2023
• Vedoucí: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Bioinformatika