Kolonizační kapacita potenciálně probiotických kmenů E. coli

Bc. Pavla Fedrová

Diplomová práce

Probiotic E. coli strains and their colonization capacity

Anotace:

Escherichia coli je fakultativně anaerobní gramnegativní bakterie nacházející se v lidském střevě. Do tohoto rodu patří jak patogeny způsobující vážná onemocnění, také komenzálové a dokonce probiotické kmeny. Probiotika jsou definována jako živé mikroorganismy, které při podání mají pozitivní vliv na hostitele. Nejčastěji jsou využívány bakterie mléčného kvašení, zároveň je ale jedním z nejlépe prostudovaných probiotických kmenů E. coli Nissle 1917. V této práci byly osekvenovány 4 kmeny potencionálně probiotické kmeny E. coli s různým stupněm kolonizační kapacity. Byly sestaveny jejich kompletní genomy, které byly následně analyzovány za účelem identifikace markerů spojených s kolonizací střeva.

Abstract:

Escherichia coli is a facultative anaerobic gram-negative bacterium found in the human intestine. This genus includes pathogens causing serious diseases, commensals and even probiotic strains. Probiotics are defined as living bacteria that confer a health benefit to the host. Lactic acid bacteria are frequently used probiotic strains, but one of the most studied probiotics is E. coli Nissle 1917. In this work, genomes of four potentially probiotic E. coli strains with different colonization capacity were sequenced. The complete genomes were assembled and subsequently analyzed to identify markers associated with intestinal colonization.

Klíčová slova

Escherichia coli, probiotika, celogenomové sekvenování, komparativní genomika, Yersinia enterocolitica, kolonizační kapacita, probiotics, whole genome sequencing, comparative genomics, colonization capacity

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 6. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 8. 7. 2020
• Vedoucí: Mgr. Juraj Bosák, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Lenka Micenková, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Speciální biologie