Průkaz signifikantních artefaktů v séru metodou LELDI TOF MS a optimalizace přípravy biologického materiálu pro metodu SELDI TOF MS

Mgr. Radomír Pilný

Advanced ('rigorózní') thesis

Surface-Enhanced Laser Desorption Ionization/Time-of-Flight Mass Spectrometry Reveals Significant Artifacts in Serum Obtained from Clot Activator-Containing Collection Device and optimizing of biological sample of preparation for SELDI TOF MS analysis

Abstract:

Ke studiu preanalytického vlivu sérových aditiv v moderním odběrovém systému byla v proteomické studii použita metoda SELDI TOF MS. Krev byla odebírána do dvou typů zkumavek: Microvette Sarstedt typ “Neutral” a Sarstedt “Sérum Gel +Aktivátor srážení”. Metoda: Sérum bylo analyzováno použitím Ciphergen SELDI/TOF IMAC30-Cu ProteinChip array. Výsledky: Ve spektrech bylo zjištěno 34 skupin píků v rozsahu 3000 – 20000 m/z. Z toho se 26 píků vyskytovalo ve více než 50 % spekter. Ve skupině Sérum Gel Aktivátor srážení jsme detekovali 2 píky s m/z 3957.3 a 4283.6, které měly signifikantně zvýšenou intenzitu která při srovnání průměru normalizovaných ploch píku byla 40x větší ve srovnávané skupině „Neutral“. Závěr: Na základě těchto zjištění ve skupině s aktivátorem srážení byly provedeny změny v odběru vzorku pro klinickou biochemii, kde se nyní používá plazma a pro imunochemii se používají prázdné zkumavky. Alikvoty z těchto prázdných zkumavek se dlouhodobě uchovávají pro prospektivní proteomické studie.

Abstract:

Background: To study preanalytical influences of serum additives used in modern blood collection systems on proteomic studies using SELDI/MALDI/TOF mass spectrometry. Methods: Blood was collected into two types of tubes: Microvette Sarstedt type “Neutral” and Sarstedt “Serum Gel Clotting Activator”. Serum was analyzed using Ciphergen SELDI/TOF IMAC30-Cu ProteinChip array. Results. Thirty four peak clusters were generated from within the mass range 3000 – 20000 m/z. Out of these, 26 peaks occurred in more than 50% of spectra. In the Serum Gel Clooting Activator group we detected two peaks with m/z 3957.3 and 4283.6 displaying grossly increased peak intensities whose average normalized peak areas were more than 40-fold higher comparing with the “Neutral” groups. Conclusions. Due to gross artifacts observed in the clot activator arm, blood collection system was reconfigured to the use of plasma in clinical chemistry and plain serum for immunoassay and long-term serum banking for prospective proteomic studies.

Keywords

SELDI TOF MS, serum, Mass spectrometry

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 11. 10. 2007

Thesis defence

• Date of defence: 18. 1. 2008
• Reader: Mgr. Jiří Žeravík, Ph.D., Mgr. Pavel Řehulka, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Advanced ('rigorózní řízení') programme / field:
Biochemistry / Biochemistry