Vyhledávání sekvenčních vzorů v okolí sekvencí DNA podporujících tvorbu G-kvadruplexů

Timotej Šujan

Bachelor's thesis

Detection of sequence patterns in the vicinity of potential G-quadruplex sequences

Anotácia:

Cílem této bakalářské práce je vytvořit nástroj, který dokáže systematickou analýzou sekvencí odhalit sekvenční vzory, které se vyskytují v blízkém okolí G-kvadruplexů častěji než v jiných sekvencích, a poté s jeho pomocí analyzovat tyto vzory u některých druhů rostlin. Nástroj je implementován jako desktopová aplikace v jazyce Java. Skrze ni může uživatel ze vstupního souboru sekvencí DNA nalézt shluky podobných okolí G-kvadruplexů. Tyto shluky je dále možné vizualizovat pomocí sekvenčního loga, porovnávat se shluky z jiných souborů a vyhledávat napříč různými databázemi. Výsledky této práce mohou pomoci porozumět roli G-kvadruplexů v říši organismů.

Abstract:

The aim of this bachelor thesis is to create a tool that can systematically analyze sequences to detect sequence patterns that occur in the vicinity of G-quadruplexes more often than in other sequences, and then use it to analyze these patterns in some plant species. The tool is implemented as a desktop application in Java. Through it, the user can find clusters of similar G-quadruplex vicinities from the input set of DNA sequences. These clusters can also be visualized using a sequential logo, compared to clusters from other files, and searched across different databases. The results of this work may help to understand the role of G-quadruplexes in the realm of organisms.

Kľúčové slová

DNA, kvadruplexy, sekvence, prohledávání sekvencí, hledání podobností, sekundární struktury, BLAST, pqsfinder, cd-hit

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 7. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 22. 9. 2020
• Vedúci: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Applied Informatics