Genomická analýza B-lymfocytů v průběhu léčby chronické lymfocytární leukémie

Bc. Zuzana Tvarůžková

Master's thesis

Genomic analysis of B-lymphocytes during chronic lymphocytic leukemia treatment

Abstract:

Chronická lymfocytární leukémie (CLL) je nejčastější leukémii dospělých v západním světě. Kritickou roli hraje u CLL podobně jako u jiných nádorových onemocnění dráha p53. Jelikož p53 a mdm2 tvoří autoregulační smyčku, předpokládá se, že zvýšení hladiny mdm2 má vliv na rozvoj rakoviny a léčebnou odpověď. Bylo dokázáno, že jednonukleotidový polymorfismus SNP309 v promotoru genu MDM2 má vliv na vznik některých typů nádorů. U CLL bylo v posledních letech publikováno několik studií, které se navzájem zásadně liší ve výsledku vlivu tohoto polymorfismu. V této práci byla sledována asociace jednonukleotidového polymorfismu SNP309 v genu MDM2 s klinickými parametry a prognostickými markery. Genotyp v pozici SNP309 byl analyzován u 167 pacientů s CLL metodou PCR amplifikace a následné RFLP. Kaplan-Meyerovy křivky poukázaly v rámci celého souboru na zjevný trend: genotyp TT - nejlepší prognóza, genotyp TG – intermediární prognóza, genotyp GG – špatná prognóza. Rozdíl mezi křivkami nebyl statisticky významný. Při vyčlenění skupiny pacientů s mutací/delecí v genu p53 byl u těchto pozorován statisticky vysoce významný rozdíl, a to jak v celkovém přežití, tak v přežití od první terapie. Naopak čas do první terapie nebyl významný v žádné skupině. Z toho důvodu byla skupina s mutovaným p53 doplněna o nové pacienty na celkový počet 92. Byl potvrzen statisticky významný vliv na celkové přežití i na přežití od první terapie. Bylo však také zjištěno, že pacienti s genotypem GG jsou statisticky významně starší, což výrazně ovlivnilo jejich přežití. K úplnému pochopení a objasnění vlivu SNP309 v patogenezi CLL je třeba provézt další rozsáhlejší studie.

Abstract:

Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most common leukemia in adults in Western world. The p53 pathway plays a critical role in CLL. Since the level of p53 is tightly regulated by an autoregulatory feedback loop comprised of p53 and MDM2, increase in MDM2 level is considered to have negative impact on cancer development and therapy response. The single nucleotide polymorphism SNP309 in the promoter of MDM2 gene affects tumor formation in some cancers. In CLL, its clinical and biological significance remains controversial. In my study, SNP309 locus was analyzed in 167 CLL patients using the PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism) method. The association between the polymorphism and clinical parameters and prognostic markers was studied. Although not statistically significant, Kaplan-Meier survival curves referred to an apparent trend: TT genotype – best prognosis, TG – intermediate prognosis, GG – bad prognosis. Surprisingly if the group of patients with p53 mutation/deletion was analyzed separately, there was a highly significant difference in overall survival and survival after treatment among the genotypes. No difference in time to first treatment was observed. Based on the results, the group of patients with p53 mutation/deletion was enlarged up to 91 patients to get a more powerful dataset. The statistically significant difference in overall survival and survival after treatment was confirmed among the SNP309 genotypes. However, detailed analysis showed that the patients with unfavorable GG genotype were significantly older which strongly affected their survival. Further investigation is necessary to explain the impact of SNP309 on CLL pathogenesis.

Keywords

CLL, chronická lymfocytární leukémie, chronic lymphocytic leukemia, SNP, SNP309, jednonukleotidový polymorfismus, bodový polymorfismus, single nucleotide polymorphism, MDM2, p53, RFLP, polymorfismus délky restrikčních fragmentů, restriction fragment lenght polymorphism

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 13. 5. 2011

Thesis defence

• Date of defence: 7. 6. 2011
• Supervisor: prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular Biology and Genetics