Generalized asynchronous semantics for Boolean networks

Bc. Šimon Ondrejka

Bachelor's thesis

Anotácia:

Boolevoské siete slúžia ako model, ktorý reprezentuje správanie rôznych biologických systémov. Presný opis takéhoto správania pomocou výpočtových technológií nie je jednoduchý. Táto práca skúma použitie generalizovanej asynchrónnej sémantiky pri generovaní stavového priestoru booleovských sietí. Ako prvé sú vysvetlené potrebné koncepty. Algoritmus na generovanie stavového priestoru za použitia rôznych variácií generalizovanej asynchrónnej sémantiky je popísaný a implementovaný. Taktiež je implementovaná aj možnosť simulácie správania danej booleovskej siete.

Abstract:

Boolean networks serve as a model for representing the behavior of different biological systems. To precisely describe this behavior using computational technology is not simple. This work explores the usage of generalized asynchronous semantics in the generation of a Boolean network's state space. Firstly, necessary concepts are explained. An algorithm for generating the state space using different variations of generalized asynchronous semantics is described and implemented. Moreover, a possibility to simulate the behavior of the given Boolean network is also implemented.

Keywords

Boolean network, systems biology, generalized asynchronous semantics, state space graph, state space generator, booleovská sieť, stavový priestor

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 29. 6. 2022
• Vedúci: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.
• Oponent: RNDr. Samuel Pastva

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Informatics / Informatics