Využití půdních mikroorganismů v biomonitoringu – nové poznatky a přístupy

Mgr. Bc. Eva Trávníčková

Bachelor's thesis

Soil microorganisms in biomonitoring – advances and new approaches

Abstract:

Tato práce vznikla s cílem poukázat na existenci molekulárně biologických metod coby nástrojů biomonitoringu a nabídnout jejich užití v praxi pro Laboratoř půdní ekotoxikologie centra RECETOX Masarykovy Univerzity v Brně. Bylo vybráno několik molekulárně biologických metod, které se popř. dají propojit s izotopovými metodami. Nedílnou součástí práce jsou také kapitoly popisující přípravné práce jako izolace nukleových kyselin a jejich amplifikace pomocí PCR, stejně tak jako popis nástrojů, jak vyhodnotit a interpretovat získaná data. Nejvíce prostoru bylo věnováno elektroforetickým a hybridizačním metodám, na které se v mezinárodních pracích dá narazit nejčastěji a které jsou klasifikovány jako citlivé a přitom relativně nenáročné na provedení, čas a interpretaci, tedy s velkým potenciálem pro užití v rutinní praxi. Pro ilustraci jsou ke konci teoretické části uvedeny studie používající vybrané techniky. Experimentální část měla za cíl seznámit se s již zavedenými technikami používanými pro hodnocení půd v centru RECETOX. Byly zhodnoceny parametry půd rutinně monitorované několik let. Nebyly zjištěny výraznější rozdíly mezi výsledky této kampaně a kampaní z minulých let.

Abstract:

This work aimed to focus on existence of molecular techniques as tools for biomonitoring and to offer them for practical use in Laboratory of soil ecotoxicology at the workplace RECETOX, Masaryk University in Brno. A few molecular techniques was chosen, which can be connected with isotope methods. There are chapters describing preparations of sample, like isolation of nucleic acids, their amplification by PCR, and also a description of tools how to examine and interpret obtained data. Electroforetic and hybridization methods had a special attention because of their repetition in international works. They are also indicated as sensitive, relatively not demanding advanced laboratory skills, time and interpretation, so they have a great potential for routine applications. To make a notion, there are works using chosen techniques at the end of theoretical part of this work. Experimental part was supposed to introduce in routine techniques used in soil evaluation in RECETOX centre. Parameters of routine monitored soils were evaluated and there were no significant differences between results from this campaign and other campaigns from last years.

Keywords

biomonitoring, molekulární techniky, kontaminovaná půda, biodegradace

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 15. 5. 2009

Thesis defence

• Date of defence: 25. 6. 2009
• Supervisor: doc. RNDr. Jakub Hofman, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / General Biology