Jednonukleotidové polymorfismy ve vztahu k chronickému zánětlivému střevnimu onemocnění

Mgr. Jan Hošek, Ph.D.

Advanced ('rigorózní') thesis

Single-nucleotide polymorphismus associated to chronic inflammatory bowel disease

Abstract:

Vliv genetických faktorů na etiologii zánětlivých střevních onemocnění (IBD) je znám již dlouhou dobu. Cílem této práce bylo určit alelovou četnost polymorfismů v genech NOD2, ICAM-1 a CCR5 u českých a slovenských pacientů s IBD ve srovnání se zdravou kontrolu. U 45 pacientů s Crohnovou chorobou (CD) a 22 pacientů s ulcerativní kolitidou (UC) byla stanovena frekvence mutací (R702W, G908W a 1007fs v NOD2 genu; K469E v ICAM-1 genu a Δ32 v CCR5 genu), které mají vztah k IBD. Byla určena alelová frekvence těchto mutací a byl stanovena genotyp-fenotyp korelace. Izolovaná DNA byla genotypována, byla spočítána alelová frekvence a statisticky ověřena. Signifikantní rozdíl mezi zdravou kontrolou a pacientů s CD byl nalezen u mutace 1007fs v NOD2 genu (p = 0,0203). Alela E469 v genu ICAM-1 byla také asociována s Crohnovou chorobou (p = 0,0024). Žádná další alela nebyla asociována s Crohnovou chorobou ani s ulcerativní kolitidou. Počet mutací a mutovaných genů byl vyšší u pacientů s CD než u pacientů a UC. Výsledky podporují předešlá zjištění o účasti mutací v genech NOD2 a ICAM-1 v IBD. Tato práce potvrzuje, že obě nemoci, CD i UC, jsou polygenní s efektem genové dávky. Toto zjištění posiluje názor, že genetické faktory hrají významnější roli u Crohnovy choroby než u ulcerativní kolitidy.

Abstract:

Involvement of genetic factors in aetiology of the inflammatory bowel disease (IBD) has been known for a long time. Aim of this work was to investigate the prevalence of polymorphisms in NOD2, ICAM-1 and CCR5 genes in Czech and Slovak patients with IBD in comparison with healthy controls. The frequency of well-known mutations (R702W, G908W and 1007fs in NOD2 gene; K469E in ICAM-1 gene and Δ32 in CCR5 gene) involved in IBD was tested on 45 patients with the Crohn’s disease (CD) and 22 patients with the ulcerative colitis (UC). The allele frequency of these mutations was determined and genotype-phenotype correlation was specified. Isolated DNA was genotyped and allele frequency was counted and statistically verified. Significant differences between healthy control group and CD patients were observed in mutation 1007fs of NOD2 gene (p = 0.0203). Allele E469 of ICAM-1 gene was also associated with the Crohn’s disease (p = 0.0024). No significant association between other alleles and Crohn’s disease was found, and no gene variation was linked to the ulcerative colitis. The number of mutations and mutated genes was higher among patients with the Crohn’s disease than among patients with the ulcerative colitis. Results support previous findings about participations of mutations of NOD2 and ICAM-1 genes in the inflammatory bowel disease. This work confirmed that both the Crohn’s disease and the ulcerative colitis are polygene diseases with gene-dosage effect. This observation strengthens the opinion that genetic factors play more important role in the Crohn’s disease than in the ulcerative colitis.

Keywords

Crohnova choroba, ulcerativní kolitidy, SNP, NOD2, ICAM-1, CCR5, PCR-REA

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 4. 9. 2008

Thesis defence

• Date of defence: 10. 12. 2008
• Reader: doc. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D., RNDr. Jitka Kadlecová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Advanced ('rigorózní řízení') programme / field:
Biology / Molecular Biology and Genetics