Analýza metylace DNA pomocí kapilární elektroforézy

Martin Zahálka

Bachelor's thesis

DNA methylation analysis by capillary electrophoresis

Abstract:

Bakalářská práce, Analýza metylace DNA pomocí kapilární elektroforézy, se zabývá analýzou metylované DNA pomocí kapilární elektroforézy. V teoretické části je seznámení s obecnými principy metylace, dále pak s asymetrickou a symetrickou metylací, metylací de novo a konečnou demetylací DNA. V následující kapitole je věnována pozornost metylaci DNA u bakterií, rostlin a živočichů. V literárním přehledu jsou také rozpracovány možnosti detekce metylované DNA a jejich charakterizace. V závěru teoretické části je také věnována kapitola kapilární elektroforéze. Jádrem experimentální části je separace cytosinu a metylcytosinu. Pro analýzu standardních roztoků cytosinu a metylcytosinu byla použita kapilární elektroforéza. V průběhu experimentu, byl upravován separační elektrolyt a zároveň podmínky separace. Ideálních podmínek bylo dosaženo při použití borátového pufru, o koncentraci 50 mM s přídavkem SDS (dodecyl síran sodny) o finální koncetraci 60 mM, při napětí 20 kV a 30 mBar.

Abstract:

This bachelor thesis, DNA methylation analysis by capillary electrophoresis, deals with the analysis of methylated DNA by capillary electrophoresis. The theoretical part introduces the general principles of methylation, asymmetric and symmetric methylation, de novo methylation and final DNA methylation. The following chapter is devoted to the methylation of DNA in bacteria, plants and animals. The possibilities of detection of methylated DNA and their characterization are also elaborated in the literature review. At the end of the theoretical part is also devoted to the chapter capillary electrophoresis.The essence of the experimental part is the separation of cytosine and methylcytosine. Capillary electrophoresis was used to analyze standard cytosine and methylcytosine solutions. During the experiment, the separation electrolyte and the separation conditions were adjusted. Ideal conditions were achieved using a 50 mM borate buffer with the addition of sodium dodecyl sulfate (SDS) with a final concentration of 60 mM, at 20 kV and 30 mBar.

Keywords

cytosin, metylcytosin, separace, optimalizace, detekce

Keywords

cytosine, methylcytosine, detection, optimalization, separation

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 24. 4. 2019

Thesis defence

• Supervisor: doc. Mgr. Markéta Vaculovičová, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Bachelor programme / field:
Agrobiology / Molecular biology and biotechnology