Kinetický mechanismus ancestrální halogenalkandehalogenasy

Bc. Martin Toul

Bachelor's thesis

Kinetic mechanism of ancestral haloalkane dehalogenase

Abstract:

Halogenalkandehalogenasy jsou enzymy katalyzující konverzi halogenovaných látek na odpovídající alkoholy hydrolytickým štěpením. Oproti tomu luciferasy katalyzují oxidaci substrátu (tzv. luciferinu) za současné produkce světla (tzv. bioluminiscence). Náplní bakalářské práce je teoretické seznámení s oběma typy zmíněných aktivit (dehalogenasová a luciferasová), ale i s principy tranzitní (prestacionární) kinetiky. Uvedených znalostí bylo následně využito k prvotní charakterizaci kinetického mechanismu dehalogenasové reakce ancestrální halogenalkandehalogenasy. Získané výsledky jsou jedním z prvních kroků k detailnímu pochopení katalytického mechanismu duální aktivity zrekonstruovaného předka.

Abstract:

Haloalkane dehalogenases are enzymes which convert halogenated compounds into corresponding alcohols by hydrolysis. Compared to that, luciferases catalyse oxidation of substrate luciferin and simultaneously product visible light (phenomenon called as bioluminescence). The thesis provides theoretical introduction to both dehalogenase and luciferase activity as well as principles of transient kinetics. Given knowledges were used for basic characterization of kinetic mechanism of the ancestor’s dehalogenase activity. The obtained results are one of the very first steps necessary for detailed understanding of catalytic mechanism of the resurrected ancestor’s dual activity.

Keywords

halogenalkandehalogenasa, luciferasa, bioluminiscence, ancestrální enzym, tranzitní kinetika, metoda rychlého zhášení, metoda zastaveného toku, rychlost limitující krok, halogenid, haloalkane dehalogenase, luciferase, bioluminescence, ancestral enzyme, transient kinetics, rapid quench-flow, stopped-flow, rate limiting step, halide

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 16. 5. 2016

Thesis defence

• Date of defence: 13. 6. 2016
• Supervisor: prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biochemistry / Biochemistry