Mgr. Lukáš Daniel, Ph.D.

Disertační práce

Molecular Modelling of Enzymes’ Substrate Specificity

Molecular Modelling of Enzymes’ Substrate Specificity
Anotace:
Disertační práce popisuje využití technik molekulového modelování pro studium a modifikaci substrátové specificity halogenalkandehalogenas (HLD), hydrolytických enzymů štěpících vazbu mezi uhlíkem a halogenem v řadě halogenovaných uhlovodíků. HLD jsou průmyslově atraktivní biokatalyzátory s dobře prostudovaným reakčním mechanismem, díky čemuž jsou hojně využívány pro testování protokolů molekulového …více
Anotace:
ěny v katalytické aktivitě studované pomocí molekulového modelování a kinetických experimentů nastaly v důsledku zpomalení hydrolytického kroku, které je připisováno nižší bazicitě katalytického histidinu v DbeA ΔCl. V přírodě existuje mnoho enzymů, které svou substrátovou specificitu upravují tím, že nutí projít substrát do aktivního místa skrz přístupové tunely. Na tomto základě byl definován „lock …více
Abstract:
This Thesis describes an application of molecular modeling tools to study and modify the substrate specificity of haloalkane dehalogenases (HLDs), hydrolytic enzymes cleaving the carbon-halide bonds in a variety of halogenated hydrocarbons. HLDs are industrially attractive biocatalysts with a well-understood reaction mechanism that often serve as a benchmark for testing of different molecular modeling …více
Abstract:
ing substrate to pass through an access tunnel before reaching the deeply buried active site. This newly proposed „lock-keyhole-key” model introduces in the traditional models of catalysis the geometry and physicochemical properties of the access tunnels to assure the selection of substrates. The Chapter 4 describes a development of CAVER Analyst 1.0, a software tool enabling analysis and visualization …více
 
 
Jazyk práce: angličtina
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 4. 2016

Obhajoba závěrečné práce

  • Obhajoba proběhla 20. 6. 2016
  • Vedoucí: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
  • Oponent: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D., doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D.

Citační záznam

Plný text práce

Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:
  • světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta